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66. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS), 12. Jahreskongress der Technologie- und Methodenplattform für die vernetzte medizinische Forschung e. V. (TMF)

26. - 30.09.2021, online

Die NAPKON- und GECCO-Datensätze im Vergleich

Meeting Abstract

  • Samantha Cramer - Medizinisches Datenintegrationszentrum, Institut für Digitale Medizin, Universitätsklinikum Augsburg, Augsburg, Germany
  • Pia Schneider - Medizinisches Datenintegrationszentrum, Institut für Digitale Medizin, Universitätsklinikum Augsburg, Augsburg, Germany
  • Christine Dhillon - Institut für Pathologie und Molekulare Diagnostik, Universitätsklinikum Augsburg, Augsburg, Germany
  • Iñaki Soto-Rey - Medizinisches Datenintegrationszentrum, Institut für Digitale Medizin, Universitätsklinikum Augsburg, Augsburg, Germany

Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie. 66. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS), 12. Jahreskongress der Technologie- und Methodenplattform für die vernetzte medizinische Forschung e.V. (TMF). sine loco [digital], 26.-30.09.2021. Düsseldorf: German Medical Science GMS Publishing House; 2021. DocAbstr. 121

doi: 10.3205/21gmds026, urn:nbn:de:0183-21gmds0262

Published: September 24, 2021

© 2021 Cramer et al.
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Text

Einleitung: Im Rahmen der COVID-19 Pandemie wird vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) das Netzwerk Universitätsmedizin (NUM) gefördert. Das Netzwerk soll zur Bewältigung der Pandemie beitragen, indem die Daten der behandelten Patienten systematisch erfasst und zusammengeführt werden [1], [2]. Das NUM unterstützt die Projekte CODEX (COVID-19 Data Exchange Plattform) und NAPKON (Nationales Pandemie Kohorten Netz). Im Rahmen von CODEX wird der Datensatz GECCO (German Corona Consensus Dataset) genutzt. Um die Interoperabilität von Covid-19-Daten zu gewährleisten, verwendet GECCO Gesundheits-IT-Standards und internationale Terminologien [3]. Der GECCO-Datensatz soll als Datenkern des NAPKON-Datensatzes dienen, welcher dann von den einzelnen Fachbereichen erweitert wird [4].

Um die mehrfache Eingabe der Daten zu vermeiden, soll ein Mapping Schema zwischen den beiden Studiendokumentationen erstellt werden. Ziel hierbei ist die Übertragung der NAPKON-Studiendaten in die CODEX-Studiendatenbank.

Methodik: Im Folgenden wird ein Vergleich beschrieben, der zur Überprüfung dient, ob der GECCO-Datensatz tatsächlich den Datenkern des NAPKON-Datensatzes (Version vom 11.12.2020) darstellt. Im Rahmen dieses Vergleiches wurden die Items des GECCO-Datensatzes manuell auf die Items des NAPKON-Datensatzes gemappt. Dabei wurden folgende Punkte händisch von zwei wissenschaftlichen Hilfsmitarbeiterinnen abgeglichen:

  • Ist das NAPKON-Element in GECCO enthalten? Antwort: Ja/Nein
  • In welchem GECCO-Formular ist die NAPKON-Element enthalten? Antwort: Formularname
  • Wie heißt das Feld in dem GECCO-Formular? Antwort: Feldname
  • Welche Antwortmöglichkeiten gibt es in GECCO? Antwort: Auflistung der Antwortmöglichkeiten

Uneindeutige Mapping-Kombinationen wurden mit IT- und Medizin-Experten diskutiert und abgestimmt. Durch Farbkodierungen wurden die in GECCO nicht vorhanden Elemente in der zusammenfassenden Übersichtstabelle [5] verdeutlicht. Die Legende hierfür ist in der ersten Tabelle des Excel-Sheets.

Ergebnisse: Insgesamt wurden 1109 NAPKON- und 91 GECCO-Elemente analysiert. Hiervon können 103 Elemente NAPKON-Elemente auf GECCO gemappt werden und auch die jeweiligen Fragen-Antworten Kombinationen von GECCO zurück auf NAPKON. Entscheidend ist an dieser Stelle, dass NAPKON einzelne Fragen in GECCO getrennt und detaillierter abfragt. Von den restlichen 1006 Elementen in NAPKON können 48 Elemente von NAPKON zu GECCO aber nicht von GECCO zurück zu NAPKON gemappt werden und 1 Element von GECCO zu NAPKON, aber nicht zurück.

Es werden 21 Elemente aus dem GECCO-Datensatz in keinster Weise in NAPKON berücksichtigt. Dies lässt darauf schließen, dass GECCO kein vollständiger Datenkern von NAPKON ist.

Diskussion: Bei den Laborwert-Elementen kam die Problematik der Einheiten dazu. Hierbei war relevant, welche Einheiten bei der Eingabe der Laborwerte möglich sind, und ob es gleiche Möglichkeiten zwischen den beiden Studien gibt. Es besteht eine Problematik darin, dass ein eins zu eins Mapping nicht möglich ist, da es leicht veränderte Elemente in NAPKON beziehungsweise GECCO gibt.

Um die mehrfache Eingabe zu vermeiden und zeit- und kosteneffektiv arbeiten zu können, ist es wichtig den NAPKON-Datensatz um die fehlenden 21 Elemente des GECCO-Datensatz zu vervollständigen.

Schlussfolgerung: In unserer Arbeit haben wir festgestellt, dass der GECCO-Kerndatensatz nicht unverändert in NAPKON (Version vom 11.12.2020) übernommen wurde. Um die Interoperabilität zu verbessern, mehrfache Dateneingaben, sowie aufwendige Mappings zu vermeiden ist es wichtig in zukünftigen Projekten auf einheitliche Datensätze zu achten.

Die Autoren geben an, dass kein Interessenkonflikt besteht.

Die Autoren geben an, dass kein Ethikvotum erforderlich ist.


Literatur

1.
Presse- und Informationsamt der Bundesregierung. Netzwerk der Universitätsmedizin. Forschung und Patientenversorgung vereint. [besucht am 15.04. 2021]. Verfügbar unter: https://www.bundesregierung.de/breg-de/themen/coronavirus/netzwerk-universitaetsmedizin-1846158 External link
2.
Nationales Forschungsnetzwerk der Universitätsmedizin zu Covid-19. [besucht am 15.04. 2021]. Verfügbar unter: https://www.netzwerk-universitaetsmedizin.de/covid-19-datensatz External link
3.
Sass J, Bartschke A, Lehne M, Essenwagner A, Rinaldi E, Rudolph S, et al. The German Corona Consensus Dataset (GECCO): a standardized dataset for COVID- 19 research in university medicine and beyond“. BMC Medical Informatics and Decision Making. 2020;20:341. DOI: 10.1186/s12911-020-01374-w External link
4.
Nationales Pandemie Kohorten Netz (NAPKON). Verfügbar unter: https://napkon.de/das-projekt/ External link
5.
Cramer S, Schneider P, Dhillon C, Soto Rey I. Napkon-Codex-Mapping. Verfügbar unter: https://github.com/MeDIZ-Augsburg/Napkon-Codex-Mapping External link