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Next-generation Sequencing in der Diagnostik der genetischen Schwerhörigkeit
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Veröffentlicht: | 15. April 2013 |
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Einleitung: Die genetische Heterogenität der nicht-syndromalen Schwerhörigkeit erschwert die molekulargenetische Diagnostik. Neue Methoden der Hochdurchsatzsequenzierung (next-generation sequencing, NGS) erlauben es alle bisher bekannten Gene für Schwerhörigkeit in Form eines Panels von 95 Genen oder durch „Whole Exome Sequencing“ simultan und umfassend zu untersuchen.
Methoden: Ein Kollektiv von 100 hochgradig schwerhörigen Personen wurde, nach Ausschluss einer Mutation in den Genen GJB2, GJB3 und GJB6 (~10%), für die Hochdurchsatzsequenzierung auf dem SOLiD 5500xl System ausgewählt. Aus der DNA der Patienten wurden 95 Schwerhörigkeitsgene mit einem individuell entwickelten Kit angereichert und anschließend parallel sequenziert. Die dabei gefundenen Varianten wurden mit einer zweiten, unabhängigen Methode (klassische Sanger Sequenzierung) validiert.
Ergebnisse: Durch Agilent In Solution Anreicherung und parallele Sequenzierung wurden Basenaustausche und Deletionen in 95 für erbliche Schwerhörigkeit bekannten Genen identifiziert. Höchstwahrscheinlich pathogene Mutationen konnten in autosomal-rezessiven Genen (27%), autosomal-dominanten Genen (22%), X-chromosomalen Genen (2%) und Genen im Zusammenhang mit syndromaler Schwerhörigkeit (15%) nachgewiesen werden. In 34% der Fälle wurde keine pathogene Mutation in den 95 untersuchten Schwerhörigkeitsgenen gefunden.
Schlussfolgerung: Die simultane Hochdurchsatzsequenzierung von 95 bekannten Schwerhörigkeitsgenen wurde in Form eine „Hörpanels“ etabliert. Die Panel-Hochdurchsatzsequenzierung eignet sich für ein kosteneffizientes Screening bei Verdacht auf genetische Schwerhörigkeit und erlaubt eine Aufklärung der genetischen Ursache in über 60% der Fälle.
Der Erstautor weist auf folgenden Interessenkonflikt hin: Dr. Sarah Fehr und Dr. Moritz Menzel sind Angestellte der GeGat GmbH, Tübingen; Dr. Dr. Saskia Biskup ist Gründerin und Geschäftsführerin der GeGat GmbH, Tübingen