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GMS Medizin — Bibliothek — Information.

Arbeitsgemeinschaft für Medizinisches Bibliothekswesen (AGMB)

ISSN 1865-066X

Die Rechercheplattform PubPharm

The search platform PubPharm

Poster Online-Jahrestagung der AGMB 2020

  • corresponding author Christina Draheim - Technische Universität Braunschweig, Universitätsbibliothek, Braunschweig, Deutschland
  • Denitsa Eckweiler - Technische Universität Braunschweig, Universitätsbibliothek, Braunschweig, Deutschland
  • Kristof Keßler - Technische Universität Braunschweig, Universitätsbibliothek, Braunschweig, Deutschland
  • Hermann Kroll - Technische Universität Braunschweig, Institut für Informationssysteme, Braunschweig, Deutschland
  • Janus Wawrzinek - Technische Universität Braunschweig, Institut für Informationssysteme, Braunschweig, Deutschland
  • Stefan Wulle - Technische Universität Braunschweig, Universitätsbibliothek, Braunschweig, Deutschland
  • Wolf-Tilo Balke - Technische Universität Braunschweig, Institut für Informationssysteme, Braunschweig, Deutschland
  • Katrin Stump - Technische Universität Braunschweig, Universitätsbibliothek, Braunschweig, Deutschland

GMS Med Bibl Inf 2020;20(3):Doc30

doi: 10.3205/mbi000487, urn:nbn:de:0183-mbi0004871

Veröffentlicht: 22. Dezember 2020

© 2020 Draheim et al.
Dieser Artikel ist ein Open-Access-Artikel und steht unter den Lizenzbedingungen der Creative Commons Attribution 4.0 License (Namensnennung). Lizenz-Angaben siehe http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.


Zusammenfassung

Der Fachinformationsdienst (FID) Pharmazie ist ein DFG-gefördertes Kooperationsprojekt zwischen der Universitätsbibliothek Braunschweig und dem Institut für Informationssysteme (IfIS) der Technischen Universität Braunschweig. Zentraler Dienst im FID Pharmazie ist die frei nutzbare Rechercheplattform PubPharm (https://www.pubpharm.de/). Das Poster bietet einen Überblick über die aktuellen PubPharm-Inhalte und -Funktionen sowie die Entwicklung innovativer Recherchetools am IfIS.

Schlüsselwörter: Pharmazie, Fachinformationsdienste, PubPharm, maschinelles Lernen

Abstract

The DFG-funded specialised information service pharmacy is a cooperative project between the University Library Braunschweig and the Institute for Information Systems (IfIS) at Technische Universität Braunschweig. Central service is the freely usable research platform PubPharm (https://www.pubpharm.de/). The poster provides an overview of PubPharm contents and functionalities as well as the development of innovative search tools by the IfIS.

Keywords: pharmacy, specialised information services, PubPharm, machine learning


Besondere Merkmale von PubPharm

PubPharm führt verschiedene, für die Pharmazie relevante Datenquellen in einer Rechercheplattform zusammen und ist grundsätzlich aufgrund der unterschiedlichen Quellen und Funktionen nicht nur für die pharmazeutische Forschung, sondern auch für andere Lebenswissenschaften interessant und nützlich.

PubPharm basiert auf der Open-Source-Software VuFind und ermöglicht aktuell eine Recherche in über 50 Millionen Einträgen [1]. Neben 30 Millionen Nachweisen aus der Datenbank Medline (PubMed) befinden sich darunter weitere pharmazierelevante Publikationen sowie Artikel aus Fachzeitschriften angrenzender Disziplinen (u.a. der Chemie, Pharmakologie und Toxikologie), tagesaktuelle Preprints aus u.a. bioRxiv, ChemRxiv und medRxiv, fachspezifische Bücher (z.B. E-Books und Dissertationen) und Konferenzschriften. Zudem weist PubPharm Informationen zu klinischen Studien aus dem Studienregister ClinicalTrials.gov und einen fachspezifischen Ausschnitt an Patenten des europäischen Patentamtes nach. Die standortabhängige Verfügbarkeitsprüfung zeigt Möglichkeiten für einen direkten Volltextzugriff elektronischer Ressourcen auf. Treffer einer Suchanfrage können über verschiedene Filterfunktionen (z.B. nach Erscheinungsjahr, für die Einschränkung auf systematische Reviews oder aktuelle Publikationen zu COVID-19/SARS-CoV-2) eingegrenzt werden.

Eine Struktursuche inklusive Substruktur- und Ähnlichkeitssuche ergänzt die textbasierte Suchoption. Chemische Verbindungen können dabei anhand einer Namenssuche, SMILES/InChI-Code oder durch Einzeichnen in einen integrierten Struktureditor identifiziert werden. Zu jedem Treffer werden Wirkstoffinformationen u.a. aus PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) und der DrugBank (https://www.drugbank.com/) angezeigt.


Innovative Recherchetools

Der FID Pharmazie bietet neue Zugriffspfade zur Literatur an, welche über bislang übliche Keyword-basierte Suchen hinausreichen. Mithilfe von künstlicher Intelligenz, genauer mit neuronalen Netzen, werden pharmazeutische Entitäten und ihre Beziehungen untereinander auf Basis der Forschungsliteratur ermittelt. Die Grundlage bilden dabei Metadaten zu ca. 30 Millionen Publikationen. Der Fokus liegt im FID Pharmazie auf Wirkstoffen, Erkrankungen und Genen. Es konnte gezeigt werden, dass in diesem Zusammenhang nicht nur bekannte Beziehungen zwischen Entitäten von den künstlichen neuronalen Netzen gelernt, sondern auch Wirkstoff-Erkrankungs-Beziehungen vorhergesagt werden können [2]. Um komplexe Beziehungen besser interpretieren zu können, erfolgt die Visualisierung in Netzwerkansichten. Aus dieser Forschungstätigkeit am IfIS ist bereits ein Webservice in PubPharm eingegangen: So werden bei der Suche nach einem Wirkstoff oder einer Erkrankung/einem Symptom Vorschlagslisten verwandter, kontextähnlicher Substanzen, Erkrankungen/Symptome und Gene generiert. Die Darstellung der Entitäts-Beziehungen in Netzwerkansichten befindet sich gerade im Beta-Stadium und wird unter Verknüpfung mit weiterführenden Informationen und Suchfunktionalitäten als ein weiterer Service in PubPharm integriert.


Anmerkung

Das Poster sehen Sie in Anhang 1 [Anh. 1].


Interessenkonflikte

Die Autoren erklären, dass sie keine Interessenkonflikte in Zusammenhang mit diesem Artikel haben.


Literatur

1.
Draheim C, Keßler K, Wulle S. PubPharm – die Rechercheplattform. PZ Prisma. 2019;26(2):68-74.
2.
Wawrzinek J, González Pinto JM, Balke WT. Linking Semantic Fingerprints of Literature – from Simple Neural Embeddings Towards Contextualized Pharmaceutical Networks. In: Doucet A, Isaac A, Golub K, Aalberg T, Jatowt A, editors. Digital Libraries for Open Knowledge. International Conference on Theory and Practice of Digital Libraries TPDL 2019. (Lecture Notes in Computer Science; 11799). Cham: Springer; 2019. DOI: 10.1007/978-3-030-30760-8_3 Externer Link