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Die Epidemiologie der Erreger von Pilzinfektionen hat sich in den vergangenen Jahren grundsätzlich geändert. Vor allem das Auftauchen und die Verbreitung resistenter Linien erschwert eine erfolgreiche antimykotische Therapie und stellt höhere Anforderung an das diagnostische Routinelabor. Dies soll hier am Beispiel der Hefen Candida auris und Candida glabrata und dem Schimmelpilz Aspergillus fumigatus verdeutlicht werden. Candida auris ist eine erst kürzlich in den Fokus geratene Hefespezies mit spezifischen multi-resistenten Linien, die lokal begrenzte Ausbrüche verursachen können. Aktuelle klinische Isolate von Candida glabrata zeigen, neben der meist bestehenden Azolresistenzvermehrt auch eine reduzierte Suszeptibilität gegenüber Echinocandinen. Hier wird vor allem die erhöhte Mutationsrate im Patienten („mutator phenotype“) als Ursache diskutiert. Im Gegensatz dazu treten beim Schimmelpilz Aspergillus fumigatus weltweit in der Umwelt verbreitete resistente Linien auf, deren Ursprung sich womöglich in der landwirtschaftlichen Nutzung von Azol-basierten Fungiziden findet. Stellenwert und Möglichkeiten zur Anpassung diagnostischer Abläufe an diese veränderte Situation sollen aufgezeigt werden.