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Aberrante epigenetische Regulation des DNA-Reparatursystems bei Plattenepithelkarzinomen des Kopf- und Halsbereichs
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Published: | April 13, 2017 |
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Einleitung: Poly(ADP-ribose-)Polymerasen (PARP) sind in die Reparatur von DNA-Einzelstrangschäden involviert. PARP-Inhibitoren zeigen bei Tumoren mit defizientem (Keimbahn-mutiertem) DNA-Reparatursystem Wirksamkeit und befinden sich in der Testung bei Plattenepithelkarzinomen des Kopf- und Halsbereichs (HNSCC). Ziel dieser Arbeit ist die Untersuchung der epigenetischen Deregulation des DNA-Reparatursystems bei HNSCC um einen Ansatz für die Entwicklung prädiktiver Biomarker zu schaffen.
Methoden: Die mRNA-Expression (RNASeq IlluminaHiSeq) und die DNA-Methylierung (Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip) von 188 DNA-Reparaturgenen wurde in 530 HNSCC-Proben des „The Cancer Genome Atlas“ untersucht. Die Methylierung von HTLF und SMC1B wurden in einer unabhängigen Kohorte des Uniklinikums Bonn (n=133) mittels methylierungsspezifischer PCR gemessen.
Ergebnisse: 59% der Gene zeigten eine differenzielle mRNA-Expression zwischen Tumor und Normalgewebe (p<0,05). 42% zeigten Expressionsunterschiede zwischen HPV-negativen und HPV-positiven Tumoren (p<0,05). Bei 19% der Gene war eine Assoziation der mRNA-Expression mit dem Überleben zu finden (p<0,05). 84% der Gene waren differentiell zwischen Tumor- und Normalgewebe sowie 7% zwischen HPV-negativem und HPV-positivem Tumoren methyliert. 61% der Gene zeigten eine signifikante Assoziation der Methylierung mit dem Überleben. Die epigenetische Deregulation von HLTF und SMC1B konnte in einer unabhängigen Patientenkohorte validiert werden.
Schlussfolgerungen: Das DNA-Reparatursystem in HNSCCs ist epigenetisch stark dereguliert bildet einen vielversprechenden Ansatz für die Entwicklung prädiktiver Biomarker für das Ansprechen auf PARP-Inhibitoren.
Der Erstautor gibt keinen Interessenkonflikt an.