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63. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS)

Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie

02. - 06.09.2018, Osnabrück

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RNA-Sequenzierungsdatenanalyse mit Galaxy für klinische Anwendungen

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  • Markus Wolfien - University of Rostock, Rostock, Germany
  • Andrea Bagnacani - University of Rostock, Rostock, Germany
  • Olaf Wolkenhauer - University of Rostock, Rostock, Germany; Stellenbosch University, Stellenbosch, South Africa

Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie. 63. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e.V. (GMDS). Osnabrück, 02.-06.09.2018. Düsseldorf: German Medical Science GMS Publishing House; 2018. DocAbstr. 19

doi: 10.3205/18gmds199, urn:nbn:de:0183-18gmds1994

Published: August 27, 2018

© 2018 Wolfien et al.
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Einleitung: Die Methodik der RNA-Sequenzierung (RNA-Seq) ist zu einem weit verbreiteten Ansatz geworden um quantitative und qualitative Aspekte von Transkriptomdaten zu untersuchen. Die Vielzahl von RNA-Seq-Protokollen und die experimentellen Studiendesigns wirken sich dementsprechend stark auf nachfolgende Datenanalysen aus. Abgesehen von den niedrigen Eintrittsbarrieren und den immer einfacher zu handhabenden experimentellen Protokollen ist die Herausforderung korrekter, transparenter und reproduzierbarer Datenanalysen immer noch eine sehr große Herausforderung. In Bezug auf die Anzahl der Datenanalyseschritte sowie über die Auswahl der Software nimmt die Komplexität der Entscheidungen zu.

Thema: „RNA-Sequenzierungsdatenanalyse mit Galaxy für klinische Anwendungen“

Referenten: Markus Wolfien, Andrea Bagnacani und Olaf Wolkenhauer

Angestrebte Diskussion und Ergebnisse: In dem Workshop geben wir einen kurzen Überblick über den aktuellen Einsatz und mögliche zukünftige Anwendungen der Next Generation Sequencing (NGS) Technologie im allgemeinen und im klinischen Kontext. Darauf folgen grundlegende RNA-Seq Datenanalyseverfahren und ein Beispielprojekt, das die Datenanalyse eines klinischen NGS-Datensatzes mit Hilfe unseres kürzlich veröffentlichten Analyse-Workflows TRAPLINE demonstriert. Unter Verwendung von TRAPLINE und der Galaxy-Umgebung werden wir alle relevanten Schritte und Herausforderungen während der bioinformatischen Datenanalyse aufzeigen sowie weitere Vorschläge machen, um die erhaltenen Ergebnisse mit aktuellen Datenbanken zu verknüpfen.

Dieser NGS-Workshop zielt darauf ab, modernste Diagnosetechniken sowie die neuesten Datenanalysewerkzeuge und krankheitsbezogenen Datenbanken zu vermitteln, um den Teilnehmern zu ermöglichen mit einer der vielversprechendsten Technologien in den Biowissenschaften zu arbeiten und letztendlich in der täglichen Routine in Forschungseinrichtungen und einzusetzen.

Die Autoren geben an, dass kein Interessenkonflikt besteht.

Die Autoren geben an, dass kein Ethikvotum erforderlich ist.