gms | German Medical Science

53. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS)

Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie

15. bis 18.09.2008, Stuttgart

Softwareintegration: Comprehensive Meta Analysis und SAS in der klinischen Forschung

Meeting Abstract

Search Medline for

  • Alexander Wagner - MSD SHARP & DOHME GMBH, Haar, Deutschland
  • Karl Krobot - MSD SHARP & DOHME GMBH, Haar, Deutschland

Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie. 53. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie (gmds). Stuttgart, 15.-19.09.2008. Düsseldorf: German Medical Science GMS Publishing House; 2008. DocSD2-2

The electronic version of this article is the complete one and can be found online at: http://www.egms.de/en/meetings/gmds2008/08gmds243.shtml

Published: September 10, 2008

© 2008 Wagner et al.
This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/deed.en). You are free: to Share – to copy, distribute and transmit the work, provided the original author and source are credited.


Outline

Text

Einleitung und Fragestellung

In der modernen medizinischen und gesundheitswissenschaftlichen Forschung kommen eine Reihe unterschiedlichster Programme zum Einsatz, die nicht immer datenkompatibel sind bzw. zwischen welchen der Datenaustausch zumindest erschwert ist. SAS/ACCESS verfügt über ein gut entwickeltes Werkzeug für den Datenaustausch mit den meisten modernen Datenbanken. Für den Datenaustausch mit anderen statistischen Paketen gibt es entweder spezielle Software-Produkte oder SAS Macro. Es gibt jedoch Situationen, in denen es in der verwendeten Software keine Ein-/Ausgabemodule für die Daten gibt, d.h. die Dateneingabe erfolgt in der Regel über eine Tastatur und die Ausgabe auf dem Monitor des Rechners (PC). Ein Beispiel wäre der Microsoft-eigene Kalkulator unter Windows. Für die Ein- und Ausgabe der Daten in solchen Fällen sind spezielle Lösungen erforderlich, von denen einige mit Hilfe von Scripts wie VBS, WHS, Java-Script oder anderen Spezialprogrammen wie SendKeys oder AutoIt realisiert werden können.

Ergebnisse und Diskussion

Wir haben einen Software-Komplex entwickelt, mit dem die Aufgabe des Datenaustauschs zwischen dateninkompatiblen Systemen gelöst werden kann. Der Software-Komplex umfasst SAS9.1.3, Comprehensive Meta-Analysis V2, AutoIt V3, WHS/VBS, MS Office und Adobe Acrobat. Kern und Integrator dieses Komplexes ist SAS9.1.3. Der Komplex löst die Aufgabe der Metaanalyse von Daten aus der medizinischen Forschung, wobei die Grundberechnungen mit dem Software-Paket Comprehensive Meta Analysis V2 ausgeführt werden. Dieses System verfügt über eine große Auswahl an Datenanalyseverfahren, aber die Ein- und Ausgabe der Daten ist auf die Eingabe von Daten mit einem speziellen Format oder Excel-Tabellen orientiert, die nach dem Copy/Paste-Verfahren in das System ein- oder ausgegeben werden. Die Datenausgabe erfolgt auf dem Monitor und im Repository-System. Für den Forest-Plot besteht die Möglichkeit der Ausgabe in MS Produkte (PowerPoint, MS Word). Bereits die Ausführung einer kleinen Zahl von Berechnungen ist mit erheblichem Zeitaufwand und einer mehrfachen Wiederholung von Routineoperationen mit der Maus verbunden. Die Nutzung der Ausgabedaten des Systems in anderen Programmen ist eindeutig mit Aufwand im Zusammenhang mit der Datenkonvertierung verbunden.

Diese Probleme waren der Grund für die Suche nach einer optimaleren Lösung für die Ein- und Ausgabe sowie Konvertierung der Daten. Derartige Aufgaben lassen sich mit AutoIt v3 wirksam lösen. AutoIt v3 ist ein Freeware-Dienstprogramm, das eine Basic-ähnliche Sprache der Szenarien zur Automatisierung verschiedener Aufgaben unterstützt. Diese Sprache unterstützt die Emulation von Tastendrücken und Mausbewegungen sowie verschiedene Manipulationen mit Fenstern und deren Steuerelementen und ermöglicht so die Automatisierung von Aufgaben, die in anderen Sprachen (z.B. VBScript) nicht automatisiert werden können, oder von Aufgaben, deren Automatisierung in anderen Sprachen nicht ganz zuverlässig wäre (z.B. mit SendKeys in VBScript). AutoItX ist die "Bibliotheksversion" von AutoIt v3, die eine Teilmenge der AutoIt-Möglichkeiten über die Schnittstellen DLL und ActiveX/COM sicherstellt. Dadurch können die Möglichkeiten von AutoIt von Programmiersprachen wie VBS, VBScript und den meisten anderen Sprachen, die DLL oder ActiveX/COM unterstützen, genutzt werden.

Der Programmkomplex funktioniert folgendermaßen:

1.
In SAS werden die Daten auf die Analyse vorbereitet und in MS Excel exportiert.
2.
Mit VBS/WHS und AutoIt wird das Script-Programm erzeugt, das bei Steuerung mit Comprehensive Meta Analysis V2 Tastendrücke und Mausbewegungen simuliert.
3.
SAS löst das Script-Programm aus, erhält die Ausgabeergebnisse in Form von Excel-Tabellen, importiert die Daten in SAS-Sätze und bereitet sie für die weitere Verarbeitung vor.
4.
SAS verarbeitet die erhaltenen Daten und erstellt das Forest-Plot in PDF/RTF oder einem anderen Grafikformat.

Der Programmkomplex wird im Zusammenhang mit einer Meta-analyse im Bereich Asthma demonstriert.


Literatur

1.
Comprehensive Meta Analysis Version 2.2.034, October 16, 2006.
2.
AutoIt (and AutoItX) v3.2.4.9 released (25th May, 2007). http://www.autoitscript.com/autoit3 External link
3.
Wang Morgan C, Bushman Brad J. Integrating Results through Meta-Analytic Review Using SAS Software. Cary, NC.: SAS Institute Inc., 1999, 400 pp.
4.
Harvey E. Hahn. AutoIt and Millenium: „Smart“ Scripting, 2006. www.wiliug.org/meetings/2006/au3HahnHandout.ppt External link
5.
SAS Online Doc with PDF Files. http://www.technion.ac.il/docs/sas9/Welcomepg.pdf External link