gms | German Medical Science

42. Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie, 28. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Orthopädische Rheumatologie, 24. Wissenschaftliche Jahrestagung der Gesellschaft für Kinder- und Jugendrheumatologie

17.-20. September 2014, Düsseldorf

Article

Send article

Nachweis von low frequency Varianten des NLRP3 Gens bei „mutations-negativen“ CAPS Patienten mit massive parallel sequencing

Meeting Abstract

Search Medline for

  • Mathias Lesche - Deep Sequencing Group SFB655, BIOTEC, TU Dresden, Dresden
  • Andreas Dahl - Deep Sequencing Group SFB655, BIOTEC, TU Dresden, Dresden
  • Annekatrin Kränkel - Deep Sequencing Group SFB655, BIOTEC, TU Dresden, Dresden
  • Joachim Roesler - Klinik und Poliklinik für Kinder- und Jugendmedizin, Universitätsklinikum Carl Gustav Carus, TU Dresden, Dresden
  • Justus Thiem - Klinik und Poliklinik für Kinder- und Jugendmedizin, Universitätsklinikum Carl Gustav Carus, TU Dresden, Dresden
  • Angela Rösen-Wolff - Universitätsklinikum Carl Gustav Carus, Klinische Forschung Kinderheilkunde, Dresden

Deutsche Gesellschaft für Rheumatologie. Deutsche Gesellschaft für Orthopädische Rheumatologie. Gesellschaft für Kinder- und Jugendrheumatologie. 42. Kongress der Deutschen Gesellschaft für Rheumatologie (DGRh); 28. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Orthopädische Rheumatologie (DGORh); 24. wissenschaftliche Jahrestagung der Gesellschaft für Kinder- und Jugendrheumatologie (GKJR). Düsseldorf, 17.-20.09.2014. Düsseldorf: German Medical Science GMS Publishing House; 2014. DocER.14

doi: 10.3205/14dgrh081, urn:nbn:de:0183-14dgrh0811

Published: September 12, 2014

© 2014 Lesche et al.
This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/deed.en). You are free: to Share – to copy, distribute and transmit the work, provided the original author and source are credited.

Outline

Text

Einleitung: Somatische Mosaike des NLRP3 Gens wurden bei vielen „mutations-negativen“ CINCA Patienten detektiert. Wir versuchten solche low frequency NLRP3 Varianten bei „mutations-negativen“ Patienten nachzuweisen und zu quantifizieren, die an einem CINCA Syndrom, Muckle-Wells Syndrom (MWS) oder an einer Familiären Kälteurtikaria (FCAS) erkrankt waren.

Methoden: Die Exone des NLRP3 Gens wurden mittels PCR aus genomischer PBMC DNA amplifiziert. Danach wurden die PCR Produkte auf einer Illumina Plattform sequenziert. Für den SNV Nachweis wurde die GATK pipeline des 1000 Genomes Projekts genutzt, wenn eine 40.000x Coverage erreicht wurde. Zum Nachweis der Genauigkeit der Quantifizierung wurden PCR Produkte, die eine bekannte heterozygote Mutation (T348M) enthielten, zusammen mit Wildtyp DNA in Verdünnungen von 25%, 12.5% und 6.25% gemischt.

Ergebnisse: Die Verdünnungen der T348M Mutation wurden exakt quantifiziert. Bei einer CINCA Patientin wurde eine neue Variante (L359S) in 30% der Sequenzen nachgewiesen. Bei einem Cut-off Wert von 6% mutierter DNA Sequenzen wurde in keiner anderen Probe eine genomische Variante nachgewiesen. Daher wurde eine noch höhere Sensitivität mitz Hilfe einer eigens für diese Problematik eingeführten statistische Methode (M+2SD) etabliert. Damit konnten bei 13 Proben verschiedene low frequency Varianten zwischen 0.5% und 5.7% nachgewiesen werden.

Schlussfolgerung: Massive parallel sequencing ist eine zuverlässige Methode zur Quantifizierung von low frequency Varianten des NLRP3 Gens. Somatische Mosaike scheinen bei „mutations-negativen“ MWS und FCAS Patienten seltener zu sein als bei CINCA Patienten.

Diese Studie wurde von Novartis Pharma GmbH, Nürnberg (ARW); BMBF Projekt NGSgoesHPC (ML) und SFB655 (DFG) (AD, AK) unterstützt.