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Vim3 verantwortlich für die miR-371a-3p-Überexpression in Prostatakrebszelllinien
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Veröffentlicht: | 10. Mai 2022 |
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Einleitung: Vimentin 3 (Vim3) ist die verkürzte Variante des Volllängen Vimentins mit einem extra C-terminal Ende. Bei Sequenzvergleichen ist aufgefallen, dass Aminosäuren dieses extra C-terminal Endes die Fähigkeit besitzen an bestimmte DNA Regionen zu binden. Da Vim3 als Metastasierungsmarker bekannt ist und stellten wir uns die Frage ob Vim3 aufgrund der extra Domäne in der Lage ist gezielt Gene anzuschalten. Bei einem ersten Screening auf die mögliche Bindungsstelle konnten mehrere Gene analysiert werden. In der Promotorregion der miR-371a-3p konnte ebenfalls eine Interaktionsstelle ermittelt werden.
Methoden: Prostatakrebszelllinien (PC3, DU-145 und LNCap) wurden zunächst mittels Western Blot und qRT-PCR auf das Vorhandensein von Vim3 und miR-371a-3p analysiert. In einem weiteren Schritt wurde ein Vim3 pulldown durchgeführt und mittels speziell für diesen hypothetischen Bindungsbereich im miR-371a-3p Promotor designend Primern analysiert. In einem EMSA konnten weitere Komplexpartner analysiert werden. In einem weiteren Schritt wurde eine wnt Signalweg spezifischer Array durchgeführt. Der Vim3 pulldown wurde darüber hinaus mittels NGS analysiert, die Daten werden aktuell erhoben.
Ergebnisse: Es konnte gezeigt werden, dass es zu einer Vim3 Interaktion an der hypothetischen Bindungsstelle der miR-371a-3p Region kommt. 19 in den wnt Signalweg involvierte Gene konnten mittels Vim3 pulldown analysiert werden. Die Daten der NGS stehen aktuell noch aus.
Zusammenfassung: Durch die extra C-terminale Domäne von Vim3, die, Aufgrund einer bestimmten Aminosäurekonstellation, ein erhöhtes DNA Bindungspotential aufweist konnte mittels Vim3 pulldown Assay gezeigt werden, dass Vim3 essentiell für die Expression der miR-371a-3p ist. In weiteren Experimenten konnte da drüber hinaus analysiert werden das die Vim3 DNA Interaktion ebenfalls für die Expression von wnt Signalweg spezifischen Genen verantwortlich ist. Welche weiteren Gene von Vim3 abhängig sind ist aktuelle noch in NGS Bearbeitung. Somit kann vermutet werden, dass die trunkierte Variante von Vimentin Transkriptionsfaktoreigenschaften besitzt.