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Vergleichende Proteomanalyse der Etoposid-sensitiven WERI-RB1-Zelllinie und des Etoposid-resistenten Subklons WERI ETOR
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Autoren
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Vinodh Kakkassery
- Lübeck
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T. Gemoll
- Sektion für Translationale Chirurgische Onkologie und Biomaterialbanken, Universität zu Lübeck & Universitätsklinikum Schleswig-Holstein, Campus Lübeck
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M. Krämer
- Lehrstuhl für Zellmorphologie & Molekulare Neurobiologie, Fakultät für Biologie & Biotechnologie, Ruhr-Universität Bochum
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S. Mergler
- Berlin
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M. Ranjbar
- Lübeck
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A. Tura
- Lübeck
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S. Grisanti
- Lübeck
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S. Joachim
- Bochum
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A. Faissner
- Lehrstuhl für Zellmorphologie & Molekulare Neurobiologie, Fakultät für Biologie & Biotechnologie, Ruhr-Universität Bochum
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J. Reinhard
- Lehrstuhl für Zellmorphologie & Molekulare Neurobiologie, Fakultät für Biologie & Biotechnologie, Ruhr-Universität Bochum
| Veröffentlicht: | 24. Juni 2021 |
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Gliederung
Text
Hintergrund: Die Chemotherapie-Resistenz beim Retinoblastom ist ein Grund für das aktuelle Therapieversagen. Bisher konnte im Vergleich zu der Etoposid-sensitiven WERI-RB1-Zelllinie in dem Etoposid-resistenten Subklon WERI ETOR eine veränderte Expression der extrazellulären Matrix (Reinhard et al, IJMS 2020), ein veränderter Stoffwechsel der Sphingolipide (Kakkassery et al, PORE 2017) sowie eine veränderte Kalziumkanalexpression (Oronowicz et al, Lab Invest 2021; Mergler et al., Exp Eye Res 2012) als möglicher Resistenzmechanismus identifiziert werden. Ziel der Untersuchung war es, die Charakteristika dieses Resistenzmodells auf Proteinebene weiter zu evaluieren.
Methoden: WERI RB1 sowie WERI ETOR wurden wie zuvor beschrieben kultiviert und für die Analyse aufbereitet. Die Proteinlevel wurden in beiden Zelllinien vergleichend mittels einer datenunabhängigen Massenspektrometrie untersucht. Während das globale Proteom anschließend mit HALLMARK-Signalwegen assoziiert wurde, detektierten Algorithmen des maschinellen Lernens differentielle exprimierte Proteine.
Ergebnisse: Insgesamt konnten in beiden Zelllinien über 3.900 Proteine mittels Massenspektrometrie identifiziert werden. S100 calcium-binding-protein A1 (S100A1), Glutathione Synthetase (GSS) und D-Aminoacyl-tRNA Deacylase 1 (DTD1) zeigten dabei höhere Proteinlevel in der WERI ETOR Zelllinie, während Brain Acid Soluble Protein 1 (BASP1), Acetyl-Coenzyme A Acetytransferase 2 (ACAA2) and DNA Topoisomerase II Alpha und Beta (TOP2A/TOP2B) niedrigere Proteinlevel in WERI ETOR im Vergleich zu WERI RB1 aufwiesen. Zudem zeigten sich durch Signalweganalysen vermehrte Assoziationen zu aktivierten Zellteilungsmechanismen und zu Epitelial-Mesenchymale-Transitionen in WERI ETOR.
Schlussfolgerungen: Mit der Proteinanalyse konnte die Etoposid-sensitive WERI-RB1-Zelllinie sowie ihr Etoposid-resistenter Subklon WERI ETOR weiter charakterisiert werden. Differentielle Proteinlevel und die damit assoziierten Signalwege könnten neue Hinweise zum Resistenzmechanismus geben.
