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GMDS 2013: 58. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS)

Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie

01. - 05.09.2013, Lübeck

Einsatz einer Forschungsdatenbankinfrastruktur für die translationale Forschung in der bariatrischen Chirurgie im Integrierten Forschungs- und Behandlungszentrum AdipositasErkrankungen

Meeting Abstract

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  • Frank Meineke - Universität Leipzig, Institut für Medizinische Informatik, Statistik und Epidemiologie, DE; IFB AdipositasErkrankungen, DE
  • Tatjana Schütz - Universitätsmedizin Leipzig, Forschungsbereich Bariatrische Chirurgie, DE; IFB AdipositasErkrankungen, defau
  • Sebastian Stäubert - Universität Leipzig, Institut für Medizinische Informatik, Statistik und Epidemiologie, DE; IFB AdipositasErkrankungen, DE

GMDS 2013. 58. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e.V. (GMDS). Lübeck, 01.-05.09.2013. Düsseldorf: German Medical Science GMS Publishing House; 2013. DocAbstr.217

doi: 10.3205/13gmds083, urn:nbn:de:0183-13gmds0836

Veröffentlicht: 27. August 2013

© 2013 Meineke et al.
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Gliederung

Text

Das Integrierte Forschungs- und Behandlungszentrum (IFB) Adipositas-Erkrankungen [1] baut eine Forschungsdatenbank (FDB)-Infrastruktur für die datenschutzkonforme Integration heterogener Datenquellen auf. Vorgestellt wird der Einsatz im Bereich Bariatrische Chirurgie.

Einleitung und Fragestellung: Der Krankheitsverlauf der Adipositas erfordert eine langfristige, möglichst engmaschige Datenerhebung in der Versorgung. Die routinemäßige strukturierte Erfassung anamnestischer und diagnostischer Patientendaten in der IFB-Adipositas-Ambulanz hat hierbei einen besonderen Stellenwert im IFB. Die bariatrische (chirurgische) Adipositasbehandlung ist dabei ein Forschungsschwerpunkt. Aufgrund der im Vergleich zu den konservativ behandelten Patienten vergleichsweise geringen Fallzahl ist der gleichzeitige Einschluss pre- und post-operierter Patienten in mehreren klinischen Studien der Regelfall. Weitere Erhebungen (u.a. Medikation, Edmonton Obesity Staging System, Bioelektrische Impedanzanalyse, Ernährungsprotokolle, Anamnesedaten) werden im bariatrischen Forschungsbereich routinemäßig durchgeführt. Die Daten zu einem Patienten bzw. Probanden finden sich somit in Studiendatenbanken des Zentrums für klinische Studien Leipzig und anderen Studiendatenbanken, im KAS (SAP i.s.h.med) der Universitätsklinik und in klassischen Datei-basierten Systemen. Eine Zusammenschau der Daten für einzelne Patienten oder quellübergreifende Auswertungen erfordert zusätzliche IT.

Material und Methoden: Ein webbasiertes Registrierungswerkzeug erzeugt studienübergreifende Pseudonyme, die auch bei nicht-studienbezogenen klinischen Datenerhebungen verwendet werden. In der FDB können Biometriker über eine tabellenorientierte Datenbankstruktur Auswertungen vornehmen. Die Daten werden zusätzlich in das medizinische Data Warehouse i2b2 [2] geladen.Klinische Forscher können über eine grafische Nutzeroberfläche eigenständig übergreifende komplexe Anfragen z.B. zur Patientenrekrutierung, Kohortenanalyse und Feasibility durchführen. Die Quellen werden in der Vorverarbeitungsphase jeweils in das CDISC ODM Format [3] transformiert. Dies ursprünglich für klinische Studiendaten entwickelte XML-basierte Format vereint klinische Daten und Metadaten, wie Codelisten oder Untersuchungszeitpunkte. Die ODM-Quellen werden über ETL-Prozesse in die FDB geladen. Hierzu stehen generische Werkzeuge aus dem IDRT-Projekt [4] und dem IFB Sepsis & Sepsisfolgen [5] zur Verfügung. Die klinischen Zusatzerhebungen werden derzeit typisch in Excel-Dateien erhoben. Die Erfassung direkt im SAP, analog der routinemäßigen Adipositasanamnese, oder über proprietäre Eigenentwicklungen zeigt sich ob der Vielfalt der Erhebungen als zu aufwändig. Stattdessen wird zur Erhöhung der Datenqualität der Einsatz des Open-Source Studiendatenmanagementwerkzeugs OpenClinica evaluiert, das sich bereits für klinische Studien bewährte [5] und native ODM-Unterstützung und WebServices mitbringt.

Ergebnisse: Die gewählte Einsatzdomäne bariatrische Chirurgie bietet ein günstiges Umfeld für einen Referenzeinsatz: starke Vernetzung verschiedener Datenquellen, hoher Studienrekrutierungsstand, hohe Mitarbeitsbereitschaft und eine Reduktion auf eine Fachabteilung in der Startphase. Eine vollumfängliche Integration in den Forschungsalltag ist für Ende 2013 vorgesehen. Die Entwicklung ist agil – durch immer verfügbare Zwischenstände können während der Entwicklung Rückmeldungen der Kliniker und Statistiker frühzeitig eingefangen werden. Der konsequente Einsatz von ODM erleichtert die modularisierbare und gut delegierbare Erschließung weiterer Datenquellen, insbesondere in der Schnittstelle zum Data Warehouse.

Diskussion: Neben der Integration der heterogenen Quelldaten gilt besonderes Augenmerk der Erhöhung der Datenqualität der medizinischen Dokumentation. Der i2b2-Ansatz ermöglicht dem klinischen Forscher den Zugriff auf diese Daten. Ergebnisse des Teilprojektes sollen auf den gesamten IFB und letztendlich in das Forschungsdatenmanagementkonzept [6] der Universitätsmedizin Leipzig, die neben dem IFB auch das Projekt LIFE [7] beinhaltet, einfließen.

Diese Arbeiten werden vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF), FKZ:01E01001 gefördert.


Literatur

1.
Integriertes Forschungs- und Behandlungszentrum AdipositasErkrankungen. [cited 2012 Apr 15]. Available from: http://www.ifb-adipositas.de Externer Link
2.
i2b2 Informatics for Integrating Biology and the Bedside. [cited 2012 Apr 15]. Available from: https://www.i2b2.org Externer Link
3.
CDISC Operational Data Model. [cited 2012 Apr 15]. Available from: http://www.cdisc.org/odm Externer Link
4.
Thomas G, Sax U, Löbe M, Drepper J, Bauer C, Baum B, Christoph J, Mate S, Quade M, Stäubert S, Prokosch H-U. Integrated Data Repository Toolkit: Werkzeuge zur Nachnutzung medizinischer Daten für die Forschung. GI-Jahrestagung 2012: 1252-1259
5.
Löbe M, Stefan K, Meineke F, Rißner F, Brunkhorst F. OpenClinica als zentraler Baustein eines Integrierten Forschungs- und Behandlungszentrums. submitted to GDMS 2013
6.
Meineke F, Stäubert S, Kirsten T. Medizinische Forschungsdatenbanken als Baustein des Forschungsdatenmanagements an der Universität Leipzig, GMDS 2012.
7.
Leipziger Forschungszentrum für Zivilisationserkrankungen. [cited 2012 Apr 15]. Available from: http://www.uni-leipzig-life.de Externer Link