gms | German Medical Science

49. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie (gmds)
19. Jahrestagung der Schweizerischen Gesellschaft für Medizinische Informatik (SGMI)
Jahrestagung 2004 des Arbeitskreises Medizinische Informatik (ÖAKMI)

Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie
Schweizerische Gesellschaft für Medizinische Informatik (SGMI)

26. bis 30.09.2004, Innsbruck/Tirol

Interpretation von DICOM Datensätzen mit DicoLib und DicoSE

Meeting Abstract (gmds2004)

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  • corresponding author presenting/speaker Michael Prinz - Medizinische Universität Wien, Institut für Medizinische Computerwissenschaften, Wien, Österreich
  • Georg Fischer - Medizinische Universität Wien, Institut für Medizinische Computerwissenschaften, Wien, Österreich
  • Ernst Schuster - Medizinische Universität Wien, Institut für Medizinische Computerwissenschaften, Wien, Österreich

Kooperative Versorgung - Vernetzte Forschung - Ubiquitäre Information. 49. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie (gmds), 19. Jahrestagung der Schweizerischen Gesellschaft für Medizinische Informatik (SGMI) und Jahrestagung 2004 des Arbeitskreises Medizinische Informatik (ÖAKMI) der Österreichischen Computer Gesellschaft (OCG) und der Österreichischen Gesellschaft für Biomedizinische Technik (ÖGBMT). Innsbruck, 26.-30.09.2004. Düsseldorf, Köln: German Medical Science; 2004. Doc04gmds087

Die elektronische Version dieses Artikels ist vollständig und ist verfügbar unter: http://www.egms.de/de/meetings/gmds2004/04gmds087.shtml

Veröffentlicht: 14. September 2004

© 2004 Prinz et al.
Dieser Artikel ist ein Open Access-Artikel und steht unter den Creative Commons Lizenzbedingungen (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/deed.de). Er darf vervielf&aauml;ltigt, verbreitet und &oauml;ffentlich zug&aauml;nglich gemacht werden, vorausgesetzt dass Autor und Quelle genannt werden.


Gliederung

Text

Einleitung

Wir planen ein Bilddatenarchiv für wissenschaftliche, medizinische Bilddatensätze aufzubauen, das u.a. an das Picture Archiving and Communication System (PACS) des Wiener AKH angebunden wird. Basierend auf dem Bilddatenarchiv planen wir die Erstellung eines Portals für medizinische Bildverarbeitungslösungen. Das PACS kommuniziert nach außen ausschließlich nach dem DICOM 3-Standard. DICOM [1] ist ein umfangreicher Standard, der die Kommunikation zwischen medizinischen Geräten wie Computer- und Magnetresonanztomographen und das Datenformat von Datensätzen, die durch diese Geräte akquiriert wurden, regelt. Um diese Datensätze zur visuellen Aufbereitung der enthaltenen Bild- und Textdaten interpretieren zu können, haben wir Teil 3 und 6 des DICOM-Standards über die zwei Java-basierten Module DicoLib und DicoSE (Dicom Search Engine) [2], [3] implementiert.

Methoden

Basierend auf einem geplanten Bilddatenarchiv für wissenschaftliche, medizinische Bilddatensätze bereiten wir die Erstellung eines Portals für medizinische Bildverarbeitungslösungen vor, die dem medizinischen, wissenschaftlichen Personal des Wiener AKH problemorientiert Lösungsalgorithmen zur Verfügung stellen soll. Da ein Großteil der zu behandelnden Bilddaten aus dem PACS des Wiener AKH übergeleitet werden wird, ist es notwendig, DICOM-Datensätze interpretieren zu können und haben daher ein DICOM-Interpretationssystem aus den Java-basierten Modulen DicoLib und DicoSE entwickelt [Abb. 1].

Dem DICOM-Standard folgend besteht für jeden definierten Datensatz eine genau vorgeschriebene Hierarchie von DICOM-Modulen und -Datenelementen. Im Datensatz selbst sind nur die Datenelemente mit deren numerischen Code sequentiell abgelegt. Die Hierarchie lässt sich aus den Datensätzen alleine nicht eruieren. DicoSE gibt die vorgeschriebene hierarchische Datenstruktur des jeweiligen Datensatzes und die textuelle Bedeutung bzw. die genaue Definition der einzelnen Datenelemente auf Anfrage durch DicoLib zurück. Die durch DicoLib eingelesenen Daten und durch DicoSE ergänzte Datenstrukturen können nun durch ein DICOM-Betrachtungsprogramm ausführlich visuell dargestellt werden.

Die DicoSE zugrunde liegenden Daten sind in einer MySQL-Datenbank gehalten und werden über den Enterprise Java-Beans Applikationsserver JBoss nach außen abrufbar gemacht. Die Daten werden als XML-Datensätze in das System eingebracht bzw. nach außen zur Verfügung gestellt. Über einen Webserver können die Daten von DicoSE direkt über die Adresse http://www.mbm.meduniwien.ac.at/dicom/dicose.jsp abgefragt bzw. auch gewartet werden [Abb. 2].

Da der DICOM-Standard bisher nur in gedruckter Form oder in Form von PDF-Dokumenten zur Verfügung stand und damit die Übernahme der Daten äußerst mühevoll war, wurde mehrmals die Konvertierung des Standards in maschinen-interpretierbare Form angeregt [4], [5]. Seit einiger Zeit beschäftigt sich nun eine Arbeitsgruppe des DICOM-Standard-Komitees mit der Entwicklung einer XML-Version des Standards. Erste, den gesamten Standardumfang umfassende, Ergebnisse sind bereits abrufbar. Wir bereiten bereits die automatisierte Übernahme der Daten dieser XML-Version in DicoSE vor, um damit einerseits einfacher auf Datenänderungen reagieren zu können und andererseits den DICOM-Standard noch vollständiger abbilden zu können. So können z.B. in Zukunft auch alle ausführlichen Beschreibungen der DICOM-Module über DicoSE abgefragt werden bzw. dem Benutzer über das DICOM-Betrachtungsprogramm angezeigt werden.

Diskussion

Die zwei entwickelten Module DicoLib und DicoSE ermöglichen die einfache Interpretation von DICOM-Datensätzen und wird einen wesentlichen Bestandteil des medizinischen Bildverarbeitungsportals darstellen. Da der DICOM-Standard jährlich adaptiert wird, wurde eine Weboberfläche zur einfachen formularbasierten Änderung der Daten entwickelt bzw. bereiten wir die automatisierte Übernahme der DICOM-Daten aus der XML-Version des Standards vor.


Literatur

1.
National Electrical Manufacturers Association (NEMA), Digital Imaging and Communications in Medicine (DICOM), http://medical.nema.org, 2001.
2.
Prinz M, Fischer G and Schuster E, DicoSE - A web-interface based on XML for visualizing and searching the topology of the data structure defined by the DICOM 3 standard, Proc. of MIE 2003, St. Malo, France, IOS Press, ISBN 1-58603-347-6, pp. 292-297, may 4-7, 2003..
3.
Prinz M, Fischer G and Schuster E, The Java-based DICOM query interface DicoSE, Int. J. of Med. Informatics, Elsevier Science, accepted in march 2004.
4.
Tirado-Ramos A, Hu J and Lee KP, Information Object Definition-based Unified Modeling Language Representation of DICOM Structured Reporting, J. Am. Med. Inform. Assoc, 2002, Jan-Feb, 9(1), pp. 63-71.
5.
Van Nguyen A, Avrin DE, Tellis WM, Andriole KP and Arenson RL, What Digital Imaging and Communication in Medicine (DICOM) could look like in common object request broker (CORBA) and extensible markup language (XML), J. Digit. Imaging, 2001, Jun, 14 (2 Suppl 1), pp. 89-91.