gms | German Medical Science

Einleitung: Die Untersuchung von Variationen der Kopienzahl auf chromosomaler Ebene sowie die Genexpressionsanalyse ermöglichen den Nachweis pathologischer Mechanismen, die an der Tumorentstehung und –progression beteiligt sind. Ziel der Studie ist es, durch die Kombination beider Technologien potentiell klinisch relevante Veränderungen beim Kolonkarzinom zu identifizieren und potentielle Zusammenhänge zwischen Genexpression und Copy Number Variations zu analysieren.

Material und Methoden: Durch Makrodissektion angereichertes, schockgefrorenes Tumor- und Normalepithel von 32 Patienten mit einem Kolonkarzinom wurde nach RNA- und DNA-Isolation auf Affymetrix GeneChips hybridisiert (Human Genome U133 Plus 2.0 Array und Human Mapping 500K Set). Die Validierung definierter Regionen erfolgte durch RT-PCR. Die Analysen der differentiellen Genexpression und der Copy Number Variations (CNV) erfolgten mittels Genespring GX und Partek GS Software.

Ergebnisse: Exemplarisch für die gewählte Analysestrategie zeigt sich auf Chromosom 13 im Bereich der Region 13q31.3, in der der Mikro-RNA Cluster 17-92 (C13orf25) liegt, bei 22/32 der untersuchten Karzinomen (69%) ein Zugewinn (CNV_(Med) 2,4). Der Vergleich der CNV mit der differentiellen Genexpression in diesem Abschnitt (2 probesets) zeigt eine Überexpression im Tumorgewebe bei 17 von 32 Proben (Foldchange _{(T vs. N)} >1,5). Patienten mit einer Amplifikation von 13q31.3 zeigten im Gegensatz zu Patienten ohne Veränderungen der Kopienzahl auf RNA-Ebene eine relative Überexpression von C13orf25 (Foldchange _{(T vs. N)} =1,9 bzw. 1,4).

Schlussfolgerung: Die bereits bei zahlreichen Tumorentitäten nachgewiesene Amplifikation bzw. Überexpression von Mitgliedern des Myc-abhängigen Mikro-RNA Cluster 17-92 (miR-17-92) konnte durch den Ansatz der parallelen Untersuchung genomischer Veränderungen und der differentiellen Genexpression beim Kolonkarzinom bestätigt werden. Die Amplifikation und synchrone relative Überexpression von miR-17-92 kann als möglicher Hinweis auf eine einen Zusammenhang zwischen CNV und differentieller Genexpression interpretiert werden und spiegelt die Möglichkeit wider, mit der gewählten Analysestrategie klinisch potentiell relevante Veränderungen beim Kolonkarzinom zu identifizieren.