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Genomweite Analyse zu früh manifester Adipositas: 10k Affymetrix-Scan an Adipositas Familien und 500k Affymetrix-Scan an einer epidemiologischen Kohorte (KORA)
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Autoren
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Anke Hinney
- Universität Duisburg-Essen, Essen
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Günter Brönner
- Universität Duisburg-Essen, Essen
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T. Trang Nguyen
- Uni Marburg, Marburg
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Kathrin Saar
- MDC, Berlin
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Peter Nürnberg
- Uni Köln, Köln
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Franz Rüschendorf
- MDC, Berlin
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Caren Vollmert
- GSF, Neuherberg
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Thomas Illig
- GSF, Neuherberg
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Helmut Schäfer
- Uni Marburg, Marburg
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Johannes Hebebrand
- Universität Duisburg-Essen, Essen
| Veröffentlicht: | 6. September 2007 |
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Gliederung
Text
Einleitung / Hintergrund: Genetische Faktoren erklären über 50% der Varianz des Körpergewichtes. Es sollen Gene identifiziert werden, die für die Entwicklung einer Adipositas im Kindes- und Jugendalter relevant sind.
Material und Methoden: An 295 deutschen Familien mit mindestens 2 adipösen Kindern (BMI über der 90. Perzentile) wurde eine genomweite Kopplungsanalyse durchgeführt. Insgesamt wurden 1.236 Personen mit dem 10k Affymetrix Chip genotypisiert.
Ergebnisse: Multipoint Kopplungsanalysen ergaben sieben genomische Regionen mit Hinweis auf Kopplung mit nicht-parametrischen (4q34.2, 17q25.1, Xq21.33) und/oder parametrischen Methoden (6p23, 9p21.3, 11p15.1, 14q32.13, 17q25.1). Dies ist der derzeitig größte Scan für frühmanifeste Adipositas hinsichtlich Stichprobenumfangs und Markerdichte.
Um die Kandidatengene in den Peakregionen zu identifizieren, wurden zwei systematische Ansätze verfolgt: (1) Alle annotierten Gene wurden hinsichtlich ihrer Relevanz für Adipositas analysiert: eine Konsensusliste (sechs unabhängige Expertenratings, data mining, QTL Regionen von Nagern, Tiermodelle) von 20 Genen wurde für einen saturierenden SNP-Ansatz an 368 unabhängigen Adipositas-Trios herangezogen. 13 SNPs zeigten global korrigierte P-Werte unter 0,05. Zwei davon wurden in den Genomscanfamilien bestätigt. (2) Ein genomweiter 500k Affy-Scan an 1.644 Individuen der populationsbasierten KORA-S3 Kohorte (KORA; Kooperative Gesundheitsforschung in der Region Augsburg) wurde kürzlich durchgeführt. SNPs aus den 10k Adipositas Peakregionen (1-LOD drop) wurden im KORA Kollektiv analysiert. 25 global signifikante SNPs wurden nachfolgend in den Genomscanfamilien genotypisiert; 4 von diesen zeigten P-Werte unter 0,1.
Diskussion / Schlussfolgerungen: Wir haben Adipositas Kandidatengene und SNPs in Kopplungsregionen mit einem 10k Affy-Scan identifiziert. Nachfolgende Analysen haben die Zahl der SNPs weiter eingeschränkt. Die momentanen Analysen dienen dazu, die echten Adipositas-SNPs von Zufallstreffern zu unterscheiden.
