gms | German Medical Science

62. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS)

Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie

17.09. - 21.09.2017, Oldenburg

Brücken statt Mauern: Proprietäre Export-Formate für mehr Interoperabilität

Meeting Abstract

  • Philipp Neuhaus - Westfälische Wilhelms-Universität, Münster, Deutschland
  • Sophia Gessner - Westfälische Wilhelms-Universität, Münster, Deutschland
  • Stefan Hegselmann - Westfälische Wilhelms-Universität, Münster, Deutschland
  • Martin Dugas - Westfälische Wilhelms-Universität, Münster, Deutschland
  • Julian Varghese - Westfälische Wilhelms-Universität, Münster, Deutschland

Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie. 62. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e.V. (GMDS). Oldenburg, 17.-21.09.2017. Düsseldorf: German Medical Science GMS Publishing House; 2017. DocAbstr. 196

doi: 10.3205/17gmds171, urn:nbn:de:0183-17gmds1712

Published: August 29, 2017

© 2017 Neuhaus et al.
This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution 4.0 License. See license information at http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.


Outline

Text

Einführung: Das Portal für Medizinische Datenmodelle [1] (MDM-Portal) ist ein Webportal zur Sammlung freier medizinischer Datenmodelle im CDISC-ODM [2]-Format. Mit aktuell über 10.000 Formularen [3] ist es die weltweit größte frei zugängliche Sammlung. Die medizinischen Modelle werden semantisch mittels des UMLS-Metathesaurus kodiert. Des weiteren können die Modelle nicht nur im CDISC ODM, sondern auch in diversen Fremdformaten wie MACRO-ODM, CSV, SQL, aber auch REDCap, OpenClinica, ResearchKit oder FHIR exportiert werden.

Eines der ersten implementierten proprietären Fremdformate war das REDCap-Format [4]. Zusätzlich ist in REDCap, einem web-basierten EDC-System, ein Link auf das MDM-Portal als Datenquelle sichtbar. Es soll untersucht werden, ob die Einbindung von REDCap als Export-Format von den Nutzern genutzt wird.

Methoden: Der Export in das REDCap-Format geschieht mittels eines neu implementierten Webservices. Dieser nimmt ODM-Dateien entgegen und überführt sie in das REDCap-Format. Der Webservice wurde mittels JavaEE unter Nutzung von Spring 4 implementiert. Er öffnet die ODM-Datei mittels des JAXB-Parsers und stellt sie der eigentlichen Konverter-Routine als Java-Objekte zur Verfügung.

Da das REDCap-Format im wesentlichen ähnlich einer Tabelle zeilenbasiert ist, werden nun die in den Formularen genutzten ItemGroups und Items exportiert. Anschließend wird die Datei mit Metainformationen wie der Lizenz, dem Autor und dem Titel in eine ZIP-Datei verpackt und an den Benutzer ausgeliefert. Alle Downloads durch Benutzer werden in einer MySQL-Datenbank festgehalten, die Downloads von Administratoren und Moderatoren werden nicht gezählt. Die Statistiken werden für den Zeitraum zwischen dem 1. Januar 2016 und 31. Dezember 2016 exportiert und in Excel weiter verarbeitet.

Bei der Registrierung neuer Nutzer werden diese gefragt, wie sie auf das Portal aufmerksam geworden sind. Während die Standard-Antwort "Websuche / Web-Search" ist, steht auch die Möglichkeit "Durch REDCap aufmerksam geworden" zur Verfügung. Auch diese Angabe wurde in Excel gesammelt und verarbeitet.

Die Anzahl der in den REDCap-Instanzen installierten Formularen entstammt der REDCap-Statistikfunktion. Das System erkennt die vom MDM-Portal exportierten Formulare und übermittelt Meta-Informationen an die Entwickler, wenn die Administratoren der Übertragung der Statistiken zugestimmt haben.

Ergebnisse: Zwischen dem 1. Januar 2016 und dem 31. Dezember 2016 haben sich 241 neue Benutzer registriert. 29 Personen, also 12%, gaben an, durch REDCap auf das Portal aufmerksam geworden zu sein. Insgesamt wurden in dem Zeitraum 775 Download-Vorgänge ausgeführt, 98 davon im REDCap-Format. Es ist damit nach PDF (108 Downloads) und CDISC ODM (267 Downloads) das meist genutzte Format. Insgesamt wurden seit Integration der Statistik-Schnittstelle in die REDCap-Software wenigstens 24 verschiedene Formulare in 29 Institutionen in die REDCap-Installationen importiert.

Diskussion / Ausblick: Die Ergebnisse zeigen, dass das MDM-Portal von der Nennung in der REDCap-Software profitiert. Dies äußert sich auch dadurch, dass das REDCap-Format das am häufigsten abgerufene maschinenlesbare Format nach dem ODM-Format ist. Leider eignet sich das REDCap-Format nur für den direkten Import in die REDCap-Software, Informationen wie beispielsweise die semantische Annotation der Items und Itemgroups sind nicht darstellbar. Nichtsdestotrotz zeigte der Konverter, dass es sinnvoll ist, nicht nur einen De-Facto-Standard wie ODM zu implementieren, sondern auch proprietäre Formate anzubieten, um Benutzer zu animieren ein solches Portal zu nutzen. Weitere Konverter sind in Planung bzw. aktuell in der Entwicklung.



Die Autoren geben an, dass kein Interessenkonflikt besteht.

Die Autoren geben an, dass kein Ethikvotum erforderlich ist.


Literatur

1.
Dugas M, Neuhaus P, Meidt A, Doods J, Storck M, Bruland P, Varghese J. Portal of medical data models: information infrastructure for medical research and healthcare. Database. 2016.
2.
CDISC Operational Data Model (ODM). http://www.cdisc.org/odm (Aufgerufen am 20. April 2017) External link
3.
Medical-Data-Models.org (MDM). https://www.medical-data-models.org (Aufgerufen am 20. April 2017) External link
4.
Harris PA, Taylor R, Thielke R, Payne J, Gonzalez N, Conde JG. Research electronic data capture (REDCap) - A metadata-driven methodology and workflow process for providing translational research informatics support. J Biomed Inform. 2009 Apr;42(2):377-81.