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Einleitung: Veränderungen der chromosomalen Struktur haben Einfluß auf die Tumorgenese des Kolonkarzinoms. So führen z.B. Verlust der Heterozygotie (LOH), oder homozygote Deletionen zur Inaktivierung von Tumorsuppressorgenen (TSG). Mittels Gen-Chip Analyse ist es möglich diese Phänomene in hoher Auflösung zu untersuchen. Die vorliegende Studie untersucht mittels Chip Analyse das Genom verschiedener Zelllinien des kolorektalen Karzinoms auf rekurrente LOHs und Deletionen, um somit potentielle TSGs aufzudecken.

Material und Methoden: Genetische Aberrationen von insgesamt 5 humanen kolorektalen Zelllinien wurden mittels Array-CGH (comparative genomische hybridisierung) analysiert. Die Zelllinien wurden zuvor aus humanem Tumorfrischgewebe angelegt. Durch die Verwendung des 1.800k Genome Wide SNP 6.0 Affymetrix Chips konnte eine sehr hohe Auflösung werden. Die Expression von Genprodukten der identifizierten Kandidaten-TSGs wurde mittels Endpunkt- und quantitativer PCR analysiert. Exemplarisch wurden diese Produkte sequenziert um alternative Spleißvarianten und Mutationen zu identifizieren.

Ergebnisse: Die Array-Ergebnisse deckten sich mit denen der konventionellen Zytogenetik und mFISH-Analyse. Wir beschränkten uns in dieser initialen Analyse darauf, die Bereiche, die bei einer chromosomal-stabilen aber mikrosatelliten-instabilen Zelllinie (HROC24) auffällig waren zu untersuchen. 10 genomische Bereiche zeigten Deletionen, in 7 davon sind Gene kodiert. 5 dieser Bereiche sind als „common fragile site“ beschrieben, zwei wurden bereits als TSGs für das kolorektale Karzinom identifiziert (FHIT und WWOX). FHIT und zwei der verbliebenen Kandidaten wurden bezüglich der mRNA-Expression näher untersucht. In der Sequenzanalyse wurden zusätzlich Mutationen und bislang nicht beschriebene Spleißvarianten identifiziert.

Schlussfolgerung: Zwei neue mögliche TSGs des Kolonkarzinoms konnten mittels Array-CGH identifiziert werden. Als nächster Schritt wird die Expression in mikrodissizierten Pärchen von Tumor- und Normalgewebe analysiert werden. Die prognostische und diagnostische Wertigkeit wird in diesen Untersuchungen durch einen Vergleich mit dem klinischen Outcome definiert werden. Funktionelle Untersuchungen dieser Gene werden auch folgen.