Article
Bedeutung der Gewebeischämiezeit für die Gen- und Proteinexpressionsbestimmung mittels molekularer Screeningverfahren
Search Medline for
Authors
Published: | October 7, 2004 |
---|
Outline
Text
Einleitung
Die Suche nach neuen molekularen Therapiezielen und die Identifikation diagnostisch nutzbarer Moleküle und Molekülmuster hat einen sehr hohen Stellenwert in der gegenwärtigen Krebsforschung. Mit Hilfe der Microarray-Technologie (z.B. Affymetrix) oder Proteomic-Verfahren (z.B. SELDI-MS Methodik) werden i.d.R. Tumor- und Normalgewebe vergleichend analysiert. Meist nicht berücksichtigt wird, dass präanalytische Faktoren (z.B. die Ischämiezeit zwischen Tumorresektion und Einfrieren der Proben) einen erheblichen Einfluß auf die molekularen Daten ausüben. Eine systematische Analyse der Bedeutung der frühen Ischämiezeit auf die molekulare Homöostase liegt bisher nicht vor.
Material und Methoden
In der vorliegenden Studie wurde von unterschiedlichen Patienten normale Colonschleimhaut und korrespondierendes Tumorgewebe entnommen und nach unterschiedlicher Ischämiezeit weggefroren (3 bis 30 Minuten). Die Genexpressionsmuster bzw. Proteinprofile wurden durch Microarray-Technik (Affymetrix, Chip HG-U133A) bzw. SELDI-MS Methodik (Ciphergen, cm10-, sax2-, und imac3ni-Chips) bestimmt. Real time RT-PCR diente der quantitativen Expressionsbestimmung und Verifizierung einzelner Gene (CEA, HO-1, HIF-1, c-FOS, CK20).
Ergebnisse
Bereits 5 bis 8 Minuten nach Colonresektion traten hochsignifikante Veränderungen sowohl der Genexpression als auch Proteinprofile ein. 15 Minuten nach Resektion waren bereits 10-15% der Moleküle und nach 30 Minuten 20-25% aller detektierbaren Gene/Moleküle signifikant gegenüber dem Ausgangswert verändert. Die Ischämiezeit beeinflusste sämtliche funktionellen Gruppen in der Microarray Analytik. Mittels real-time RT PCR wurde bestätigt, dass nicht nur Hypoxie-abhängige Moleküle (hif, c-fos, ho-1) von der Ischämie betroffen sind, sondern auch andere Gene, wie die des Zytoskellets (z.B. CK20) und der Tumormarker (z.B. CEA) in ihrem Expressionsmuster beeinflusst werden.
Schlussfolgerung
Zusammenfassend zeigte diese Arbeit, dass die Ischämiezeit bereits frühzeitig, einen erheblichen Einfluß auf molekulare Daten hat. Die Kontrolle dieser Variablen ist von wesentlicher Bedeutung für die zuverlässige und kostengünstige Anwendung molekularer Screeningverfahren.