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GMDS 2013: 58. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS)

Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie

01. - 05.09.2013, Lübeck

Integration von Proben in eine zentrale Biobank mit einem Entscheidungsbaum

Meeting Abstract

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  • Daniela Skrowny - Universitätsmedizin Göttingen, Georg-August-Universität, Göttingen, DE
  • Sara Yasemin Nussbeck - Universitätsmedizin Göttingen, Georg-August-Universität, Göttingen, DE

GMDS 2013. 58. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e.V. (GMDS). Lübeck, 01.-05.09.2013. Düsseldorf: German Medical Science GMS Publishing House; 2013. DocAbstr.215

doi: 10.3205/13gmds063, urn:nbn:de:0183-13gmds0636

Veröffentlicht: 27. August 2013

© 2013 Skrowny et al.
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Gliederung

Text

Einleitung und Fragestellung: Um Biomaterial [1] nachhaltig verwenden zu können, ist es notwendig, Daten über Qualität, Herkunft und Verarbeitung gemeinsam mit den Proben zu speichern [2]. Zentralisierte Biobanken unterstützen durch SOPs sowie der Bündelung von Expertenwissen eine hohe und homogene Probenqualität. Gleichzeitig kann eine zentrale IT-Infrastruktur einer breiten Masse an Nutzern bereitgestellt und damit teure und wartungsintensive Insellösungen vermieden werden [3]. Für alle zentralen Biobanken ergeben sich die gleichen neuen Herausforderungen sowohl für das Probenhandling als auch die Datenintegration. Beim Aufbau einer zentralen Biobank an der Universitätsmedizin Göttingen (UMG) ist der wichtigste erste Schritt die Integration von bestehenden dezentralen Biomaterialsammlungen in die zukünftige UMG-Biobank. Hierzu musste ein Entscheidungsverfahren entwickelt werden, um qualitativ schlechte Materialien auszusondern.

Material und Methoden: Um vorhandene Materialien zu integrieren, wurden zunächst in Gesprächen mit Medizinern verschiedene Probentypen identifiziert. Anschließend wurden für die verschiedenen Probentypen Workflows zur möglichen Integration in eine zentrale Biobank entwickelt. Dabei wurden für die verschiedenen Materialtypen Herausforderungen aufgedeckt, welche in einem dritten Schritt als Grundlage für die Entwicklung eines Entscheidungsbaums zur Integration von Proben in eine Biobank dienten.

Ergebnisse: Folgende Probentypen wurden in Gesprächen identifiziert: Proben aus dem Routinebetrieb, Proben aus der Forschung, Proben besonderer Größe oder mit besonderen Sicherheitsanforderungen sowie (Stamm-)Zellen. Die daraus entstanden Workflows führten zur Identifikation unterschiedlicher Herausforderungen: Für die Integration von Proben aus dem Routinebetrieb dürfen Prozesse der Versorgung nicht beeinflusst werden, damit keinem Patienten Nachteile in der Behandlung entstehen. Qualitätsparameter und zusätzliche Metadaten sollten, sofern möglich, automatisiert übernommen werden, indem beispielsweise Laborinformationssysteme direkt an die Software der zentralen Biobank angebunden werden. Proben aus der Projektforschung werden zu einem bestimmten Zweck gesammelt und meist vom Projekt selbst verarbeitet. Dafür benötigen projekteigene Labormitarbeiter Zugriff auf die zentrale Biobank (sowohl Lagerstätte als auch Software), damit die bei der Verarbeitung und Analyse entstehenden Metadaten direkt im System hinterlegt werden können. Bei der Übernahme bereits existierender Proben müssen die Einwilligungserklärung [4] überprüft und bestehende Identifikatoren mitgeführt werden. Bei Proben mit besonderen Eigenschaften (ganze Organe, Sicherheitsrisiko) entstehen zusätzlich spezielle Anforderungen an die Lagerstrukturen, da eine Lagerung in Standardröhrchen nicht möglich ist. Für Zellen sind oftmals zusätzliche Funktionen für eine Biomaterialverwaltung notwendig, beispielsweise ein elektronisches Laborbuch. Um den Entschluss für die Integration von Proben in eine zentrale Biobank zu vereinfachen und zu unterstützen, wurde auf Basis der Herausforderungen ein Entscheidungsbaum entworfen. Dieser enthält hierarchisch angeordnete Fragen zu den zu integrierenden Proben und Projekten und liefert als Ergebnis, je nach Kombination der Antworten, Empfehlungen zur Integration der untersuchten Proben ab.

Diskussion: Eine zentrale Biobank eröffnet dem Forscher Vorteile wie gesicherte Qualitätsstandards und hinreichende Metadaten. Dennoch bietet sich die Integration von Proben nicht pauschal für jeden Probentyp gleichermaßen an. Vielmehr müssen diverse Aspekte beachtet werden, nach denen über eine Integration entschieden wird. Ein wichtiger Aspekt ist die Qualität und deren Dokumentation, damit ausschließlich nachhaltig nutzbares Material in einer Biobank gelagert wird. Mithilfe des entwickelten Entscheidungsbaums ist es zügig und einfach möglich eine erste Einschätzung zur Integration von Proben in eine zentrale Biobank zu erhalten und diese zur Erstellung eines detaillierten Migrationskonzepts zu nutzen.


Literatur

1.
Riegman PHJ, Morente MM, Betsou F, De Blasio P, Geary P. Biobanking for better healthcare. Mol Oncol. 2008 Oktober ;2(3):213–22.
2.
Lehmann S, Guadagni F, Moore H, Ashton G, Barnes M, Benson E, u. a. Standard Preanalytical Coding for Biospecimens: Review and Implementation of the Sample PREanalytical Code (SPREC). Biopreservation and Biobanking. 2012 August;10(4):366–74.
3.
Campbell L, Betsou F, Garcia D, Giri J, Pitt K, Pugh R, u. a. 2012 Best Practices for Repositories: Collection, Storage, Retreival, and Distribution of Biological Materials for Research. Biopreservation and Biobanking. 2012;10(2):80–161.
4.
Pommerening K. Das Datenschutzkonzept der TMF für Biomaterialbanken (The TMF Data Protection Scheme for Biobanks). it - Information Technology. 2007 November;49(6):352–9.