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54. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e.V. (GMDS)

Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie

07. bis 10.09.2009, Essen

Entwicklung einer europäischen Übersichtsdatenbank für Biobanken

Meeting Abstract

  • Dominik Schmelcher - TU München, Lehrstuhl Medizinische Informatik, München
  • Melanie Kolz - Institut für Epidemiologie, Helmholtz Zentrum München, München
  • Sebastian H.R. Wurst - TU München, Lehrstuhl Medizinische Informatik, München
  • Klaus A. Kuhn - TU München, Lehrstuhl Medizinische Informatik, München
  • H.-Erich Wichmann - Institut für Epidemiologie, Helmholtz Zentrum München, IBE Lehrstuhl Epidemiologie, LMU München, München

Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie. 54. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie (gmds). Essen, 07.-10.09.2009. Düsseldorf: German Medical Science GMS Publishing House; 2009. Doc09gmds238

DOI: 10.3205/09gmds238, URN: urn:nbn:de:0183-09gmds2389

Veröffentlicht: 2. September 2009

© 2009 Schmelcher et al.
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Gliederung

Text

Einleitung /Hintergrund: Das europäische Projekt BBMRI (Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure [1], [2]) hat die Vorbereitungsarbeiten für eine europaweite Biobank-Infrastruktur übernommen. Zu den wesentlichen Maßnahmen gehört die Entwicklung und Versendung von Fragebögen zu bevölkerungsbezogenen und patientenorientierten Biobanken, deren Inhalten, Probenlagerungsmethoden, ethischen, rechtlichen und finanziellen Randbedingungen sowie der Zugangsmöglichkeit für potentielle Nutzer. Die Verarbeitung und Auswertung der ausgefüllten Fragebögen sollte durch ein Portalsystem unterstützt werden, das auch für eine spätere Kommunikation mit Komponentensystemen verwendet werden kann.

Material und Methoden: Für die Entwicklung einer Datenbankapplikation wurde ein agiler Softwareentwicklungsprozess mit kurzen Feedbackzyklen unter enger Einbeziehung der Projektpartner gewählt, der unter dem Gesichtspunkt der Entwicklungsgeschwindigkeit, Anpassbarkeit und Wiederverwendbarkeit werkzeugunterstützt und unter Verwendung von open-source Software und Komponentenbibliotheken umgesetzt wurde. Zum Einsatz kam Java unter Verwendung von Hibernate [3] und JSF [4]. Von erheblicher Bedeutung war der Prozess des Data Cleansing für die ausgefüllten Fragebögen.

Ergebnisse: Der Rücklauf auf die Fragebogenaktion beläuft sich aktuell auf 185 Biobanken von denen jeweils ein Kernfragebogen sowie insgesamt 38 Netzwerkfragebögen, 216 Kollektionsfragebögen und 185 Zusatzfragebögen ausgefüllt wurden. Es wurde eine Datenbankapplikation mit web-basierter Benutzerschnittstelle für die auf den Fragebögen erfassten Daten realisiert. Die Software enthält die vollständigen Fragebögen mit Eingabeformularen, tabellarischen Auflistungen, sowie Übersichts- und gegliederten Detailansichten zu einzelnen Fragebögen. Auswertungen auf den erfassten Daten umfassen Übersichten über Biobanken nach ICD-Gruppen, Biobanken nach Anzahl und Art der Proben, nach Organen mit Anzahl der Patienten und Proben, über Orte der Biobanken, Arten der Finanzierung und die Häufigkeit bestimmter charakterisierender Patienteninformationen. Die Auswertungen lassen sich jeweils auf einzelne Länder einschränken. Eine Volltextsuche auf den Fragebögen ist realisiert. Die Software verfügt außerdem über eine Benutzerverwaltung mit feingranularer Rechte- und Rollenvergabe.

Diskussion /Schlussfolgerungen: Das entwickelte Portalsystem bietet dem Nutzer einen Überblick über Ressourcen von Biomaterialien die im Europäischen Rahmen genutzt werden können. Die Generizität und Anpassbarkeit des Ansatzes erlaubt es, die Lösung auch für weitere Biobankenverbünde einzusetzen.


Literatur

1.
Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure. 2009. http://www.bbmri.eu/ Externer Link
2.
Yuille M, van Ommen GJ, Brechot C, Cambon-Thomsen A, Dagher G, Landegren U, Litton JE, Pasterk M, Peltonen L, Taussig M, Wichmann HE, Zatloukal K. Biobanking for Europe. Brief Bioinform. 2008;9:14-24.
3.
Hibernate. 2009. http://www.hibernate.org/ Externer Link
4.
Java Server Faces. 2009. http://java.sun.com/javaee/javaserverfaces/ Externer Link