Artikel
Das Genetische Mastermind Spiel: Strategien für die selektive Phänotypisierung bei bekanten Genotypen
Suche in Medline nach
Autoren
Veröffentlicht: | 2. September 2009 |
---|
Gliederung
Text
Bei rapide sinkenden Genotypisierungskosten sind die Phänotypisierungskosten mittlerweile oft der limitierende Faktor bei der Identifizierung quantitativer trait loci (QTLs). Während große Mengen von Individuen bereits genotypisiert vorliegen, müssen die Phänotypen erst noch bestimmt werden. Bei gegebener Maximalzahl von Phänotypisierungen stellt sich daher die Frage nach einer optimierten Auswahl der zu phänotypisierenden Individuen. In einem Bayesschen Ansatz formulieren wir dieses Problem als Optimierungsaufgabe, wobei die Zielfunktion die (erwartete) Entropie der a posteriori Verteilung über die Loci ist. Es werden geschlossene Formeln für biallelische Loci und diskrete sowie gaussverteilte Phänotypen hergeleitet. Wir schlagen zwei Strategien zur optimierten Individuenauswahl vor und implementieren diese in R/Bioconductor. Der Ansatz wird benutzt um einen Locus zu finden, der Arsenresistenz in Hefe codiert.