gms | German Medical Science

Kongress Medizin und Gesellschaft 2007

17. bis 21.09.2007, Augsburg

StemNet – ein Wissensmanagementsystem für den Bereich der hämatopoetischen Stammzelltransplantation

Meeting Abstract

  • Udo Hahn - Friedrich-Schiller-Universität Jena, Jena
  • Joachim Wermter - Friedrich-Schiller-Universität Jena, Jena
  • Michael Poprat - Friedrich-Schiller-Universität Jena, Jena
  • Peter Blasczyk - Medizinische Hochschule, Hannover
  • Peter Horn - Medizinische Hochschule, Hannover
  • David DeLuca - Medizinische Hochschule, Hannover
  • Asad Bajwa - Clarity AG, Bad Homburg

Kongress Medizin und Gesellschaft 2007. Augsburg, 17.-21.09.2007. Düsseldorf: German Medical Science GMS Publishing House; 2007. Doc07gmds133

Die elektronische Version dieses Artikels ist vollständig und ist verfügbar unter: http://www.egms.de/de/meetings/gmds2007/07gmds133.shtml

Veröffentlicht: 6. September 2007

© 2007 Hahn et al.
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Gliederung

Text

Einleitung: Ziel des StemNet-Projektes (http://www.stemnet.de) ist die Entwicklung eines Wissensmanagementsystems, das medizinische Experten auf dem Gebiet der hämatopoetischen Stammzelltransplantation (HSCT) bei ihrer Suche nach relevanten Informationen unterstützen soll. Es ist ein Verbundprojekt des JULIE-Labs der Friedrich-Schiller-Universität Jena, der Transfusionsmedizin der Medizinischen Hochschule Hannover und der Clarity AG in Bad Homburg.

Das entstehende System soll über die bestehenden Information-Retrieval-Systeme hinausgehen, indem die gezielte Suche nach in Texten erwähnten semantischen Entitäten (wie z.B. Zytokinen, Immunzellen, ...) möglich sein soll. Gleichzeitig ist die Verlinkungen dieser Informationen zu Datenbankeinträgen und Ontologien Basis der Vernetzung heterogener Wissensquellen [1].

Methoden: Eine linguistische und semantische Vorverarbeitung von Dokumenten ist zum semantischen Information Retrieval notwendig. Wir bedienen uns hierbei aktueller Text-Mining-Technologien zur automatischen Erkennung von Entitäten und zur automatischen Verlinkung zu Datenbanken [2]. Die erkannten Entitäten besitzen ebenso Verknüpfungen zu Ontologien. Die mit Metainformationen angereicherten Dokumente werden dem Benutzer über die Suchmaschine Lucene (http://lucene.apache.org/java/docs/index.html) zugänglich gemacht. Für eine gezielte Suche werden erkannte Entitäten in speziellen Indizes verwaltet.

Zwischenergebnisse: In der bisherigen Projektlaufzeit wurden die Text-Mining-technologischen Werkzeuge erstellt bzw. angepasst. Es wurde definiert, welche semantischen Entitäten für den Bereich der hämatopoetischen Stammzelltransplantation (ca. 100) relevant sind. Davon kann etwa ein Drittel bereits automatisch erkannt werden. Diese werden zu Einträgen aller relevanten Datenbanken verknüpft. Kontinuierlich wird der Index der Suchmaschine erweitert. Die ersten Entwürfe für die Benutzerschnittstelle werden bereits umgesetzt. Adaptionen auf Benutzeranforderungen, die aus laufenden Benutzerstudien gewonnen werden, werden berücksichtigt.

Diskussion: Das Software-Produkt des StemNet-Projektes wächst mit den Bedürfnissen potentieller Benutzer. Es basiert auf aktuellen Retrievaltechnologien und automatisiert die Verlinkung veschiedener Wissensquellen (Text, Datenbank, Ontologie). Die dazu notwendigen Vorverarbeitungsschritte basieren auf innovativer Technologie und sind erstmalig in einer solchen Kombination zusammengestellt. Durch die Konstellation der Projektpartner ist Expertise auf allen notwendigen Gebieten vorhanden, was einen hohen Erfolg des Projektes verspricht.


Literatur

1.
Hahn U, Wermter J, Blasczyk R, Horn P, Poprat M, Bajwa A. StemNet: An Evolving Service for Knowledge Networking in Life Sciences. In: Proceedings of the German e-Science Conference 2007 (GES2007); 2.-4. Mai 2007; Baden-Baden, Deutschland.
2.
Tomanek K, Buyko E, Hahn U. An UIMA-Based Tool Suite for Semantic Text Processing. In: UIMA Workshop at the GLDV 2007; 11. April 2007, Tübingen, Deutschland.