gms | German Medical Science

50. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie (gmds)
12. Jahrestagung der Deutschen Arbeitsgemeinschaft für Epidemiologie (dae)

Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie
Deutsche Arbeitsgemeinschaft für Epidemiologie

12. bis 15.09.2005, Freiburg im Breisgau

Ethnische Variation im Genotyp der N-Acetyltransferase 2 und Implikationen für den Acetyliererstatus

Meeting Abstract

  • Sylvia Rabstein - Berufsgenossenschaftliches Forschungsinstitut für Arbeitsmedizin, Institut der Ruhr-Uni Bochum, Bochum
  • Klaus Unfried - Institut für umweltmedizinische Forschung (IUF) an der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf, GmbH, Düsseldorf
  • Ulrich Ranft - Institut für umweltmedizinische Forschung (IUF) an der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf, GmbH, Düsseldorf
  • Thomas Illig - GSF Forschungszentrum für Umwelt und Gesundheit, Institut für Epidemiologie, GmbH, Neuherberg
  • Hans-Peter Rihs - Berufsgenossenschaftliches Forschungsinstitut für Arbeitsmedizin, Institut der Ruhr-Uni Bochum, Bochum
  • Thomas Brüning - Berufsgenossenschaftliches Forschungsinstitut für Arbeitsmedizin, Institut der Ruhr-Uni Bochum, Bochum
  • Beate Pesch - Berufsgenossenschaftliches Forschungsinstitut für Arbeitsmedizin, Institut der Ruhr-Uni Bochum, Bochum

Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie. Deutsche Arbeitsgemeinschaft für Epidemiologie. 50. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie (gmds), 12. Jahrestagung der Deutschen Arbeitsgemeinschaft für Epidemiologie. Freiburg im Breisgau, 12.-15.09.2005. Düsseldorf, Köln: German Medical Science; 2005. Doc05gmds042

Die elektronische Version dieses Artikels ist vollständig und ist verfügbar unter: http://www.egms.de/de/meetings/gmds2005/05gmds165.shtml

Veröffentlicht: 8. September 2005

© 2005 Rabstein et al.
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Gliederung

Text

Einleitung und Fragestellung

Aromatische Amine sind bekannte Karzinogene des Harnblasenkarzinoms. Für langsame Acetylierer wird ein erhöhtes Blasenkrebsrisiko angenommen. Kombinationen von Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) des N-Acetyltransferase 2 (NAT2) Gens beeinflussen die metabolische Aktivität des NAT2 Enzyms. Ziele dieser Studie sind die Analyse der NAT2 Sequenzvarianten und Haplotypen in zwei ethnischen Gruppen und die Untersuchung möglicher Fehlerquellen bei der Deduktion des Acetyliererstatus aufgrund von SNP-Daten.

Material und Methoden

Im Rahmen des EU-Projektes „Investigation of the Risk of Cyanide in Gold Leaching on Health and Environment in Central Asia and Central Europe“ wurden acht SNPs in der kodierenden Region (Nukleotidpositionen 282, 341, 364, 411, 481, 590, 803, 857) und ein SNP im angrenzenden Bereich (3'UTR 1021) des NAT2-Gens bei 290 Kirgisen und 140 Rumänen mittels MALDI-TOF MS als einem SNP-spezifischen Verfahren genotypisiert [1]. Anhand der SNPs wurden Haplotypen mit dem Programm PHASE geschätzt. Der Acetyliererstatus wurde daraus abgeleitet [2], [3].

Ergebnisse

In beiden Populationen waren zwei SNPs (364, 411) monomorph. Die polymorphen Sequenzvarianten 341T>C, 481C>T, 803A>G und 857G>A zeigen große ethnische Variationen. Bei Kirgisen waren 341C, 481T und 803G seltener als bei Rumänen. Rumänen sind aufgrund der NAT2 Varianten Kaukasier und Kirgisen ähneln eher den Chinesen, obwohl sie Allelfrequenzen zwischen Kaukasiern und Ostasiaten aufweisen. Das Allel 857A zeigt dabei asiatische Abstammung an. Für Personen mit weniger als zwei heterozygoten SNPs können Allele konstruiert werden unter der Annahme, dass in nicht untersuchten Sequenzen keine weiteren Varianten vorkommen. Die Mehrzahl der Probanden war heterozygot in mehr als einem SNP. Daher mussten Haplotypen mit der entsprechenden Software aus der Verteilung der SNPs in der Population geschätzt werden. Der Phänotyp kann daher nur bedingt zuverlässig deduziert werden. Der Anteil geschätzter langsamer Acetylierer war bei den Kirgisen (35.2 %) geringer als bei den Rumänen (51.4 %).

Schlussfolgerungen

Bei der Anwendung von SNP-basierten Verfahren in epidemiologischen Studien empfehlen wir, Haplotypen mit entsprechender Software zu schätzen. Das Allel 857A zeigt asiatische Abstammung an. Für Einzelfälle kann eine Deduktion des Phänotyps aus SNP-Daten mit einer möglichen Missklassifikation verbunden sein.


Literatur

1.
Ranft U, Pesch B, Vogt A. Gold Extraction in Central and Eastern Europe (CEE) and the Commonwealth of Independetn States (CIS) - Health and Environmental Risks. Luxembourg: International Center for Studies and Research in Biomedicine; 2005.
2.
Stephens M, Smith NJ, Donnelly P. A new statistical method for haplotype reconstruction from population data. Am J Hum Genet 2001; 68: 978-989.
3.
Stephens M, Donnelly P. A comparison of Bayesian methods for haplotype reconstruction from population genotype data. Am J Hum Genet 2003; 73: 1162-1169.