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Die Versorgungsforschung bedarf keiner neuen und schon gar keiner eigenen theoretischen oder methodischen Grundlagen. Ihre Aufgabe ist vielmehr, Forschungsbedarfe zu identifizieren, zu priorisieren und geeignete Studiendesigns der Beantwortung bestimmterer Fragen anzuwenden. Die Auswahl der Methodik ist dabei abhängig von den Fragestellungen, vom Studiendesign, den verfügbaren Daten und einer Vielzahl weiterer Randbedingungen (Zeitrahmen, Zugänglichkeit der Datenquellen, Akzeptanz bei den Teilnehmern und betroffenen Akteuren im Versorgungssystem, Verfügbarkeit von Förderung, datenschutzrechtliche und gesetzliche Rahmenbedingungen usw.)

Das Methodenspektrum ist sehr breit und umfasst Methoden der klinischen Epidemiologie, der deskriptiven und analytischen Versorgungsepidemiologie, der Sozialwissenschaften, der Psychologie und der Ökonomie. Neben quantitativen Forschungsmethoden sind wesentlich auch qualitative Ansätze relevant. Einer spezifischen Forschungsmethodik der Versorgungsforschung bedarf es nicht, Allerdings können spezifische Fragen der Versorgungsforschung Anlass für methodische Weiterentwicklungen sein.

Das wesentliche in der Versorgungsforschung ist die Beschreibung der Themenfelder, der Ziele der Forschung und ihr Verwertungszusammenhang. Im Mittelpunkt stehen Fragen der Wirkungs- und Wirksamkeitsforschung unter Praxisbedingungen. Ein Themenschwerpunkt liegt z.B. in der Untersuchung der Implementierung von Innovationen (Barrieren, Förderung) oder der Auswirkung von gesetzlichen Regulationen auf den Versorgungsalltag, sowohl von Patienten als auch von Ärzten oder Institutionen. Die Komplexizität der Einflüsse aus dem Praxisalltag ist in klinischen Studien, die z.B. zum Nachweis von Arzneimitteln oder Behandlungsverfahren durchgeführt wird, nicht ohne weiteres zu erkennen, zumal dort die Berücksichtigung von Ein- und Ausschlusskriterien gängige Praxis ist. Die medizinische Versorgungsforschung soll daneben auch Defizite in der Qualität erkennen helfen und Optimierungsprozesse einleiten, sie kann zur Definition von Anreizen beitragen oder durch die Evaluation sektorübergreifender Behandlungsprozesse Veränderungen der Kooperation in der medizinischen Versorgung in Gang setzen. Die Versorgungsforschung kann auch dabei helfen, die ökonomischen Konsequenzen der medizinischen Versorgung abzubilden und damit effizienzoptimierend wirken. Die epidemiologischen Methoden der Versorgungsforschung sind vor allem RCTs, Kohorten- oder Fall-Kontroll-Studien und Registerstudien.