gms | German Medical Science

121. Kongress der Deutschen Gesellschaft für Chirurgie

Deutsche Gesellschaft für Chirurgie

27. bis 30.04.2004, Berlin

Chiparray basierte Identifikation von differentiell expremierten Genen beim kolorektalen Karzinom nach Laser gestützter Mikrodissektion

Vortrag

  • presenting/speaker Maya Heinze - Chirurgische Klinik I, Campus Benjamin Franklin, Charité - Universitätsmedizin Berlin, Deutschland
  • J. Gröne - Chirurgische Klinik I, Campus Benjamin Franklin, Charité - Universitätsmedizin Berlin, Deutschland
  • E. Staub - MPI für Molekulare Genetik, Berlin, Deutschland
  • B. Weber - metaGen Pharmaceuticals GmbH, berlin, Deutschland
  • K. Hermann - metaGen Pharmaceuticals GmbH, berlin, Deutschland
  • A. v. Drygalski - metaGen Pharmaceuticals GmbH, berlin, Deutschland
  • T. Brümmendorf - metaGen Pharmaceuticals GmbH, berlin, Deutschland
  • B. Mann - Klinik für Allgemein- und Visceralchirurgie, Coloproktologie, Augusta-Kranken-Anstalt, Bochum, Deutschland
  • H. J. Buhr - Chirurgische Klinik I, Campus Benjamin Franklin, Charité - Universitätsmedizin Berlin, Deutschland

Deutsche Gesellschaft für Chirurgie. 121. Kongress der Deutschen Gesellschaft für Chirurgie. Berlin, 27.-30.04.2004. Düsseldorf, Köln: German Medical Science; 2004. Doc04dgch0223

Die elektronische Version dieses Artikels ist vollständig und ist verfügbar unter: http://www.egms.de/de/meetings/dgch2004/04dgch411.shtml

Veröffentlicht: 7. Oktober 2004

© 2004 Heinze et al.
Dieser Artikel ist ein Open Access-Artikel und steht unter den Creative Commons Lizenzbedingungen (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/deed.de). Er darf vervielf&aauml;ltigt, verbreitet und &oauml;ffentlich zug&aauml;nglich gemacht werden, vorausgesetzt dass Autor und Quelle genannt werden.


Gliederung

Text

Einleitung

Die Chiparray-Technologie, die eine synchrone Expressionsanalyse tausender Gene ermöglicht, fand für die Entdeckung neuer therapeutisch und prognostisch relevanter Biomarker unterschiedlicher Tumorentitäten bereits erfolgreich Anwendung. Ziel dieser Studie ist es, mittels der Chiparray-Technologie differentiell expremierte Gene (DEG) im kolorektalen Karzinom zu identifizieren.

Material und Methoden

Von 25 Patienten mit kolorektalem Karzinom (UICC I - UICC IV) wurde durch UV-Laser gestützte Mikrodissektion korresponierendes Normal- und Tumorepithel aus kryoasservierten Operationsresektaten isoliert. Nach Extraktion der polyA+RNA und linearer Amplifikation über drei Runden (In Vitro Transkription) wurden mittels der Affymetrix Chiptechnologie (U133, ca. 33.000 Gene) Expressionsprofile erstellt. Die Identifikation von DEG erfolgte unter Verwendung eines Rankings basierend auf unidirektionalen statistischen Testverfahren (Student´s t-Test, Wilcoxon, Golub, Foldchange). Mittels RealTime-PCR, Cancer Profiling Array (CPA) und Immunhistochemie (IHC) wurden selektionierte Gene validiert.

Ergebnisse

Es wurden 2352 Gene und ESTs identifiziert, deren Expression sich zwischen Tumor- und Normalgewebe signifikant unterschied. Unter den hochregulierten 1064 Genen und 112 ESTs fanden sich zahlreiche bekannte Gene, die im Zusammenhang mit dem kolorektalen Karzinom beschrieben wurden (Melanoma Growth Stimulating Activity (Onkogen), S-Adenosylcystein-Hydrolase, General Transcription Factor IIIa, Transforming Growth Factor). Weitere hochregulierte Kandidatengene, wie z.B. Claudin 1 konnten mittels RT-PCR sowie IHC bestätigt werden (Abb.1a [Abb. 1]). Unter den herunterregulierten 905 Genen und 271 ESTs befanden sich bekannte Gene, wie z.B. Hevin, Carbonic Anhydrase IV und Fatty Acid Binding Protein1. Die im Vergleich zum Nomalgewebe signifikant niedrigere Expression von RAB27A (bei 19 der 25 Patienten Foldchange N/T < 0.5) wurde durch RT-PCR und CPA bestätigt (Abb.1b [Abb. 1]).

Schlussfolgerung

Die mittels Chiparray-Technologie nominierten differentiell expremierten Gene können 1. als potentielle Tumorsupressor- bzw. Onkogene zum weiteren Verständnis der Karzinogenese beitragen und 2. als potentielle „therapeutische Targets" und prognostische Marker für das kolorektale Karzinom dienen.