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Die Chiparray-Technologie, die eine synchrone Expressionsanalyse tausender Gene ermöglicht, fand für die Entdeckung neuer therapeutisch und prognostisch relevanter Biomarker unterschiedlicher Tumorentitäten bereits erfolgreich Anwendung. Ziel dieser Studie ist es, mittels der Chiparray-Technologie differentiell expremierte Gene (DEG) im kolorektalen Karzinom zu identifizieren.

Von 25 Patienten mit kolorektalem Karzinom (UICC I - UICC IV) wurde durch UV-Laser gestützte Mikrodissektion korresponierendes Normal- und Tumorepithel aus kryoasservierten Operationsresektaten isoliert. Nach Extraktion der polyA+RNA und linearer Amplifikation über drei Runden (In Vitro Transkription) wurden mittels der Affymetrix Chiptechnologie (U133, ca. 33.000 Gene) Expressionsprofile erstellt. Die Identifikation von DEG erfolgte unter Verwendung eines Rankings basierend auf unidirektionalen statistischen Testverfahren (Student´s t-Test, Wilcoxon, Golub, Foldchange). Mittels RealTime-PCR, Cancer Profiling Array (CPA) und Immunhistochemie (IHC) wurden selektionierte Gene validiert.

Es wurden 2352 Gene und ESTs identifiziert, deren Expression sich zwischen Tumor- und Normalgewebe signifikant unterschied. Unter den hochregulierten 1064 Genen und 112 ESTs fanden sich zahlreiche bekannte Gene, die im Zusammenhang mit dem kolorektalen Karzinom beschrieben wurden (Melanoma Growth Stimulating Activity (Onkogen), S-Adenosylcystein-Hydrolase, General Transcription Factor IIIa, Transforming Growth Factor). Weitere hochregulierte Kandidatengene, wie z.B. Claudin 1 konnten mittels RT-PCR sowie IHC bestätigt werden (Abb.1a [Abb. 1]). Unter den herunterregulierten 905 Genen und 271 ESTs befanden sich bekannte Gene, wie z.B. Hevin, Carbonic Anhydrase IV und Fatty Acid Binding Protein1. Die im Vergleich zum Nomalgewebe signifikant niedrigere Expression von RAB27A (bei 19 der 25 Patienten Foldchange N/T < 0.5) wurde durch RT-PCR und CPA bestätigt (Abb.1b [Abb. 1]).

Die mittels Chiparray-Technologie nominierten differentiell expremierten Gene können 1. als potentielle Tumorsupressor- bzw. Onkogene zum weiteren Verständnis der Karzinogenese beitragen und 2. als potentielle „therapeutische Targets" und prognostische Marker für das kolorektale Karzinom dienen.